Development of a new method for structural modeling of protein-membrane complexes

开发蛋白质-膜复合物结构建模新方法

• 批准号: 23770192
• 负责人: MORI Takaharu
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: The Institute of Physical and Chemical Research
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23770192/
• 关键词: 膜タンパク質; 脂質二重膜; 脂質ラフト; 分子動力学シミュレーション; 拡張アンサンブル法; レプリカ交換法; 国際情報交流

We developed three new methods for reliable structural modeling of protein-membrane complexes: Voronoi tessellation Monte Carlo integration method, Surface-tension replica-exchange molecular dynamics method, and Method to predict the optimal orientation of membrane proteins with Generalized Born implicit membrane model. These methods are useful to perform reliable molecular dynamics simulations of membrane proteins and mixed lipid bilayer systems like lipid rafts.

我们开发了三种可靠的蛋白质-膜复合物结构建模新方法：Voronoi 曲面细分蒙特卡罗积分法、表面张力复制品交换分子动力学方法以及用广义 Born 隐式膜模型预测膜蛋白最佳方向的方法。这些方法可用于对膜蛋白和混合脂质双层系统（如脂筏）进行可靠的分子动力学模拟。

项目成果

Analysis of the area per lipid in protein-membrane systems

蛋白质膜系统中每个脂质的面积分析

• 发表时间: 2012
• 作者: Takaharu Mori; Fumiko Ogushi;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

膜タンパク質が触媒する物質輸送現象の分子メカニズム

膜蛋白催化传质现象的分子机制

• 发表时间: 2011
• 作者: 森貴治; 杉田有治
• 通讯作者: 杉田有治

表面張力レプリカ交換法による脂質二重膜の構造サンプリング

使用表面张力复制品交换法对脂质双层膜进行结构取样

• 发表时间: 2012
• 作者: 森貴治;杉田有治
• 通讯作者: 杉田有治

Development of a new replica-exchange molecular dynamics method for bio-membrane systems

开发一种新的生物膜系统复制交换分子动力学方法

• 发表时间: 2013
• 作者: Takaharu Mori; Jaewoon Jung;Yuji Sugita
• 通讯作者: Yuji Sugita

Molecular dynamics simulations for the protein secretory pathway

蛋白质分泌途径的分子动力学模拟

• 发表时间: 2011
• 作者: Takaharu Mori