フェノタイピング可能なゲノムデータベースの開発と検証

表型基因组数据库的开发和验证

• 批准号: 26460855
• 负责人: 立川 察理
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Tohoku University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2015-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26460855/
• 关键词: バイオインフォマティクス; 分散処理

交付内定後より購入した文献にもとづいて、研究プロジェクトの基本的な技術的基盤についての調査を実施した。主な調査対象は、1) アラインメントなどの基本的なバイオインフォマティックスの基礎技術 2) MapReduce などの分散処理についての基本的知識 3) Hadoop や Spark による具体的な分散処理フレームワークである。この調査を参考にして、まず Smith-WatermanならびにNeedleman-Wunschのアラインメントアルゴリズムをプログラミング言語 scala で試験実装した。つぎに分散処理システム spark を本研究費をもちいて契約した Amazon EC2上のサーバーに試験的に導入することに成功した。しかしながら諸般の事情により、7月末日をもって東北大学を辞職するにいたった。以後、医師としての診療業務に携わり、研究機関には所属しないため、科研費にもとづく研究の継続が不可能となった。

根据收到工作机会后购买的文献，我们对研究项目的基本技术基础进行了调查。主要主题是1）基本的生物信息学技术，例如对齐方式2）关于分布式处理的基本知识，例如MapReduce 3）使用Hadoop和Spark进行混凝土分布式处理框架。以这项研究为参考，首先在编程语言中首次测试并实施了Smith-Waterman和Needleman-Wunsch的一致性算法。接下来，我们成功地在Amazon EC2上的服务器上成功实现了分布式处理系统Spark，我们已经通过这项研究资金注册了这一数字。但是，由于各种情况，他于7月底辞职。从那时起，他一直从事医生的医疗工作，并且与研究机构没有隶属关系，因此无法在科学研究基金下继续他的研究。