グループVIII ERFの下流に位置するHR細胞死関連遺伝子の探索

寻找位于 VIII 组 ERF 下游的 HR 细胞死亡相关基因

基本信息

批准号：
11J08011
负责人：
小賀田拓也
金额：
$ 0.83万
依托单位：
Tokyo University of Agriculture and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J08011/
关键词：
AP2/ERF 過敏感細胞死タバコモザイクウイルス N遺伝子 EARモチーフ

项目摘要

平成24年度の研究計画では、グループVIII ERFに対するChIP-sequenceのライブラリー調製と、次世代シークエンサーのランを実行し、シークエンスデータの解析と、下流ターゲット遺伝子を同定までを計画していた。植物材料としてシロイヌナズナの培養細胞T87を用意し、前年度までに確立したライブラリー調製法をもとに、一過的遺伝子導入とクロマチン免疫沈降を行いChIP-DNAサンプルを調製し、ライブラリーを作製することが出来た。このChIP-seqライブラリーを用い、イルミナ社の次世代型シークエンサーGAIIxによりランを行った。ライブラリーはマルチプレックスライブラリーとし、計2ラン(2レーン分)を実行し、合計約30Mリードのランデータを得ることが出来た。得られたシークエンスデータはクオリティーチェックを行い、参照配列へのマッピングとChIPピークの同定を行った。この結果、計303ピークが同定され、さらにこれらのマッピングデータからゲノム上の位置の確認とモチーフ探索を行い、最終的にグループVIII ERFの下流遺伝子候補として計25遺伝子に絞り込むことが出来た。各候補遺伝子に対する詳細な解析は行えておらず、グループVIII ERFの下流に位置し、HR細胞死誘導に関与する遺伝子として同定するためには、25の遺伝子それぞれについて生化学的な解析や遺伝子機能解析を行うなどして候補の絞り込みをする必要があると考えられた。この間にグループVIII ERF遺伝子に関して,個々の遺伝子機能やグループ全体の特徴など新たな知見が得られており、これらの研究成果については別途まとめてPlant Science誌へ報告した。また、本研究課題の実施内容を含む報告を第15回国際分子・植物・微生物相互作用学会で発表した。次世代シークエンサーによるChIP-sequenceの最終的な解析結果は、データ解析を進め論文投稿準備を進めている。

2012财年的研究计划包括为VIII组ERF准备ChIP序列库、运行下一代测序仪、分析序列数据以及鉴定下游靶基因。以培养的拟南芥T87细胞为植物材料，基于前一年建立的文库制备方法，通过瞬时基因转移和染色质免疫沉淀制备ChIP-DNA样品，并能够创建文库。使用此 ChIP-seq 库，使用 Illumina 的下一代测序仪 GAIIx 进行运行。该文库是一个多重文库，总共执行了 2 次运行（2 个泳道），我们能够获得总共约 30M 读取的运行数据。对获得的序列数据进行质量检查、映射到参考序列并识别 ChIP 峰。结果，总共鉴定出了 303 个峰，通过进一步确认它们在基因组上的位置并从这些作图数据中搜索基序，他们最终将基因范围缩小到总共 25 个基因，作为下游候选基因。 VIII 组 ERF。尚未对每个候选基因进行详细分析，为了鉴定位于VIII组ERF下游并参与HR细胞死亡诱导的基因，有必要对25个候选基因中的每一个进行生化分析和基因功能分析。人们认为有必要通过分析来缩小候选范围。在此期间，获得了关于第VIII族ERF基因的新发现，例如单个基因的功能和整个族群的特征，这些研究结果已在《Plant Science》上单独总结和报道。此外，包含该研究项目实施细节的报告已在第十五届国际分子、植物和微生物相互作用学会上提交。使用下一代测序仪对 ChIP 序列的最终分析结果正在进行分析，论文提交的准备工作正在进行中。