Sugar Chain Computer-Analyzing Computational Power of the 3rdBiological Chain Material

糖链计算机-分析第三种生物链材料的计算能力

• 批准号: 23650069
• 负责人: YAMAMURA Masayuki
• 金额: $ 2.41万
• 依托单位: Tokyo Institute of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Challenging Exploratory Research
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23650069/
• 关键词: 知能情報処理; 人工化学; 糖鎖計算; 文脈自由言語; 糖鎖; 糖転移酵素; ゴルジ装置; 生体分子計算; 形式システム; 確率過程

Sugar chain is called the third biological chain material which follows nucleotide and protein. It has important function such as an identifier of a cell for example. Sugar chain has unique tree structure while nucleotide and protein has linear form and is synthesized by unique process of multiple stages without any templates. We regard sugar chain formation as an information processing and analyzed its competence. Firstly, we made a simulator for sugar chain formation with stochastic artificial chemistry. Then, we tried to generate cellular identifier patterns with three stage process simulation. As the result, sugar chain formation can accept any context free language, and three separate stages are critical to generate a certain cellular identifier pattern efficiently.

糖链被称为继核苷酸、蛋白质之后的第三种生物链物质。它具有重要的功能，例如小区的标识符。糖链具有独特的树结构，而核苷酸和蛋白质具有线性形式，并且通过多阶段的独特过程合成，无需任何模板。我们将糖链形成视为一种信息处理并分析其能力。首先，我们用随机人工化学制作了糖链形成模拟器。然后，我们尝试通过三阶段过程模拟生成细胞标识符模式。因此，糖链形成可以接受任何上下文无关的语言，并且三个独立的阶段对于有效生成某种细胞标识符模式至关重要。

项目成果

Design and Control of Synthetic Biological Systems

合成生物系统的设计与控制

• DOI: 10.1007/978-4-431-54394-7_9
• 发表时间: 2013
• 作者: Ryoji Sekine

Tunability of the ratio of cell states after the synthetic diversification by the diversity generator

多样性生成器合成多样化后细胞状态比率的可调性

• 发表时间: 2012-07-01
• 作者: Sekine R;Yamamura M;Hagiya M;Kiga D
• 通讯作者: Kiga D

周波数特性を用いた振動する人工遺伝子回路の自動設計

利用频率特性自动设计振荡人工基因电路

• 发表时间: 2013
• 作者: 林孝文;山村雅幸
• 通讯作者: 山村雅幸

Behaviors of Chemical Reactions with Small Number of Molecules, Lecture Notes in Computer Science

少量分子的化学反应行为，计算机科学讲义

• 发表时间: 2012
• 作者: Y. Suzuki

Design strategy for an initial state-independent diversity generator

初始状态无关分集发生器的设计策略

• 发表时间: 2012
• 影响因子: 0.3
• 作者: Ryoji Sekine