絨毛性疾患と関連するcircularRNAの同定とその臨床的意義に関する研究

滋养细胞疾病相关环状RNA的鉴定及其临床意义研究

基本信息

批准号：
22K09622
负责人：
長谷川ゆり
金额：
$ 2.66万
依托单位：
Nagasaki University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K09622/
关键词：
絨毛性疾患全胞状奇胎 circRNA 発現胎盤特異的circRNA circular RNA

项目摘要

まずは、目的としていた絨毛性疾患を対象とする前に、胎盤に特異的なcircRNAを同定するため、データベース(circBase: http://www.circbase.org/))と論文検索を行った。Gongら(S Gong, et al. Nat Commun.2021 May 11;12(1):2639)は、302例の胎盤からtotalRNAを抽出し、RNA-seqによりサンプルの30％、90％から検出される3,279個、679個のcircRNAを同定した。胎盤サンプルの100％から検出されたcircRNA (POP100)は、230種類が同定された。circRNAのデータベース (circBase: http://www.circbase.org/)を参照した。Maassら(PG Maass, et al. J Mol Med. 2017 Nov;95(11):1179-1189)の先行研究をもとに、placentaのみに発現しているcircRNA 8種類を抽出した。deciduaのみは5種類、umbilical cordのみは4種類のcircRNAが存在した。これらの検索を元にベン図を作成し、胎盤のみに発現しているcircRNAを胎盤特異的circRNAの候補とし、RT-PCRを用いてこの結果が正しいかどうかを他の組織の発現と比較した。候補としたcircRNAは1種類あり、確かに妊娠初期、末期の絨毛組織で発現を認め、羊膜、臍帯、胎児脳、胎児腎、脱落膜では発現を認めないことを確認した。現在、妊婦の血液で検出可能かどうか、絨毛性疾患ではどのように発現が認められるのかを確認実験を進めているところである。

首先，在针对目标滋养细胞疾病之前，我们进行了数据库（circBase：http://www.circbase.org/）和论文搜索来识别胎盘特异性circRNA。 Kong 等人 (S Kong, et al. Nat Commun.2021 May 11;12(1):2639) 从 302 个胎盘中提取了总 RNA，并通过 RNA-seq 在 30% 和 90% 的样本中检测到了它。 3,279 和 679 个 circRNA。 100% 的胎盘样本中鉴定出 230 种 circRNA (POP100)。参考了circRNA数据库（circBase：http://www.circbase.org/）。根据 Maass 等人之前的研究（PG Maass, et al. J Mol Med. 2017 Nov;95(11):1179-1189），我们提取了八种仅在胎盘中表达的 circRNA。蜕膜中有 5 种 circRNA，脐带中有 4 种。我们根据这些搜索创建了维恩图，将仅在胎盘中表达的 circRNA 识别为胎盘特异性 circRNA 的候选者，并使用 RT-PCR 比较其他组织中的表达，看看该结果是否正确。有一种circRNA被选为候选，我们证实它确实在妊娠早期和晚期的绒毛组织中表达，但在羊膜、脐带、胎儿大脑、胎儿肾脏、或蜕膜。我们目前正在进行实验，以确认它是否可以在孕妇的血液中检测到以及它在滋养细胞疾病中如何表达。