A Study on Predicting the Effectiveness of Cancer Immunotherapy

预测癌症免疫治疗有效性的研究

• 批准号: 22K07292
• 负责人: 菊地 順子
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K07292/
• 关键词: SWI/SNF複合体遺伝子; 免疫チェックポイント阻害薬; Tumor mutational burden; がん免疫療法; 効果予測

本研究は免疫チェックポイント阻害薬(ICI)の治療効果予測バイオマーカーとしてのSWI/SNF変異の意義についての検討を目的としている。まず、公共データベースを用いて、悪性黒色腫における29個の全SWI/SNF複合体遺伝子変異解析のICIの治療効果予測における有用性について検討を行なったところ、変異あり群はなし群と比して全生存期間延長の傾向を認めた。保険診療で行われる遺伝子パネル検査では29のSWI/SNF複合体遺伝子のなかで４つの遺伝子に関して遺伝子変異解析が行われている。この４つの遺伝子変異を対象として治療効果を比較すると、変異あり群はなし群と比して全生存期間延長の傾向を認めたが、統計学的優位性は示されなかった。SWI/SNF変異の意義を検討するためには、保険診療で検出可能な4遺伝子のみでは不足しているため、その他の25遺伝子についても解析に含めていく必要があることがわかった。また、デコンボルーション法用いてTCGA-SKCMデータベースの解析を行なった。腫瘍局所浸潤免疫細胞各サブタイプの比率はSWI/SNF複合体遺伝子変異の有無によって差を認めなかった。SWI/SNF複合体遺伝子変異は腫瘍浸潤免疫細胞比率とは独立した予後因子である可能性が示唆された。現在、ICIの効果予測バイオマーカーとして、Tumor mutational burden (TMB) が確立しているが、遺伝子パネル検査を行なった症例で、High症例、low症例を抽出し、全エクソンシークエンス、RNAシークエンスを検査を依頼中である。解析結果が返却されたら、TMB High, Low症例におけるSWI/SNF複合体遺伝子変異解析を実施する。

本研究的目的是探讨 SWI/SNF 突变作为预测免疫检查点抑制剂 (ICIs) 治疗效果的生物标志物的意义。首先，利用公共数据库，我们研究了恶性黑色素瘤中所有29个SWI/SNF复合体基因的突变分析在预测ICI治疗效果中的有用性，发现突变组有较高的生存时间较长的趋势观察到。保险医疗基因组检测中，对29个SWI/SNF复合体基因中的4个基因进行了基因突变分析。当比较这四种基因突变的治疗效果时，发现有突变的组往往比没有突变的组有更长的总生存时间，但没有显示出统计学上的优势。为了检验SWI/SNF突变的显着性，我们发现有必要将其他25个基因纳入分析，因为通过保险医疗可以检测到的4个基因是不够的。我们还使用反卷积方法分析了 TCGA-SKCM 数据库。根据 SWI/SNF 复合体基因突变的存在与否，肿瘤局部浸润免疫细胞的每种亚型的比例没有差异。这些结果表明，SWI/SNF 复合体基因突变可能是独立于肿瘤浸润免疫细胞比例的预后因素。目前，肿瘤突变负荷（TMB）已被确立为预测ICI有效性的生物标志物，但高低病例是从经过基因组检测的病例中提取的，所有外显子序列和RNA序列目前正在检测。要求。一旦分析结果返回，我们将对TMB高和低的病例进行SWI/SNF复合基因突变分析。