Establishment of clinical diagnosis on fish disease using small RNA

小RNA鱼病临床诊断方法的建立

• 批准号: 22K05833
• 负责人: 小山 喬
• 金额: $ 2.66万
• 依托单位: Nagasaki University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K05833/
• 关键词: やせ病; 多検体mRNA-seq; 小分子RNA; トラフグ

本研究では、トラフグのやせ病をモデルとして、魚類感染症の感染初期に宿主体液中に現れる小分子RNAを同定し、当該小分子RNAを非侵襲的に検出する方法を開発することを目的として研究を進めている。令和4年度は、宿主遺伝子発現情報をもとにした感染ステージの分類を行うため、トラフグをやせ病に人為感染させ、標的組織である腸管の経時サンプリングと、それより抽出したtotal RNAを材料に多検体mRNA-seq解析を行った。約300検体を解析に付したところ、やせ病感染トラフグの腸管トランスクリプトーム情報を元に、感染状態を少なくとも３ステージに分類できることを明らかした。これらのうち、感染初期に特徴的に現れたグループは、やせ病PCR検査陰性であった。よって、宿主トランスクリプトーム情報を用いれば、従来法よりも早くやせ病感染を検出できる可能性が示唆された。しかしその一方、腸管の遺伝子発現は外環境による遺伝子発現変化が大きく、感染ステージの把握を行う組織として適当ではない可能性が考えられた。

在本研究中，我们旨在以虎河豚厌食症为模型，鉴定鱼类感染早期宿主体液中出现的小RNA，并开发一种非侵入性检测这些小RNA的方法。正在进行中。 2020财年，为了根据宿主基因表达信息对感染阶段进行分类，我们将人工感染患有厌食症的虎河豚，随着时间的推移对作为目标组织的肠道进行采样，并使用从中提取的总RNA作为材料，我们进行了多样本 mRNA-seq 分析。在提交约300份样本进行分析后，研究人员发现，根据肠道转录组信息，瘦虎河豚的感染状态至少可以分为三个阶段。其中，在感染早期出现特征性表现的群体的厌食症PCR检测呈阴性。因此，有人建议利用宿主转录组信息比传统方法更快地检测厌食症感染。然而，另一方面，肠道中的基因表达根据外部环境而变化很大，并且认为该组织可能不适合作为用于确定感染阶段的组织。