タッチサンプルからの単一細胞やヒト常在微生物叢を標的とした個人識別法の開発

开发针对接触样本中的单细胞和常驻人类微生物群的个人识别方法

• 批准号: 22K10600
• 负责人: 浅利 優
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Asahikawa Medical College
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22K10600/
• 关键词: タッチサンプル; 個人識別; 一塩基多型; シングルセル; 常在微生物叢; 次世代シークエンサー; ヒト常在微生物叢

次世代シークエンサーを用いた個人識別に有効な一塩基多型（SNP）解析法の構築および効率的な細胞単離法の検討を行った。まず、常染色体上にあり、日本人集団においてヘテロ接合度が高く、互いに3センチモルガン程度離れて位置するSNPを対象として検索した。これらのSNPのうち、1153座位を含むプライマーセットを用い、健常な日本人158人より採取した口腔内細胞から次世代シークエンサーiSeq 100（イルミナ）を使用して型判定を行った。1反応あたり10ngのDNAを使用し、AmpliSeq Library PLUS for Illumina（イルミナ）を用いてマニュアルに従って行うことでライブラリー調製を行い、8から12検体を一度に解析した。検出できない領域および平均深度が低い領域を除いて1100座位を選択可能であった。1100座位の平均深度は417、ヘテロ接合体の2つのシグナルの比であるアリルカバレッジレシオは0.8以上が99%と高い数値であった。また、細胞の単離および回収は口腔内細胞を採取直後にゲルフィルム（Gel-Pak）に圧着させ、トリパンブルーで染色したものを試料として、顕微鏡観察下で細胞1つを採取する方法を検討した。微細作業にはメカニカルマニュピュレーターであるラビトル3D（マイクロサポート）を使用した。単一細胞の確認は採取したものを溶解後にSTR型解析により行った。タングステンニードルによる採取、真空吸着法、精密ピンセットによる把持を比較したところ、精密ピンセットを用いた採取が短時間かつ確実に採取可能であることが確認できた。

使用下一个代序列器的单个基本polypha类型（SNP）分析方法的构造是有效的，并检查了有效的细胞分离方法。首先，我们搜索位于正常染色体上的SNP，在日本组中有一个高杂细胞，彼此之间约3厘米。在这些SNP中，使用下一个代序列的ISEQ 100（Illumina）从158位健康的日本人收集的口腔细胞中，含有1153个坐姿的底漆集。通过使用Ampliseq库Plus使用Illumina（Illumina）使用10 ng的DNA，制备库，制备库，并制备库，并立即分析8至12个样品。可以选择1100个坐姿，除了无法检测到的区域且平均深度较低。 1100坐位的平均深度为417，Allyl覆盖率（这是两个异性恋联接信号的比率）高于0.8或更多。另外，在收集口腔细胞后立即将细胞的分离和恢复被视为在显微镜观察下收集一个细胞，作为一个口腔细胞的样本。为了进行精细的工作，使用了机械操纵器，一种机械操纵器。溶解收集的后，通过STR类型分析对单个细胞进行确认。比较Tungstennede的收集，一种真空吸附方法和精确的镊子，可以证实，使用精确镊子收集是简短且可靠的。