浅海由来生物のエラから探るイプシロンプロテオバクテリア綱細菌の分布と機能

浅海生物鳃中Epsilonproteobacteria类细菌的分布和功能研究

基本信息

批准号：
18J14216
负责人：
水谷雪乃
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Mie University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-04-25 至 2020-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

深海域に生息する一部の海産無脊椎動物とそのエラに生息している細菌は、栄養共生関係にあることが知られているが、浅海域においては未だ不明な点が多い。昨年度、我々は様々な浅海無脊椎動物のエラを対象とした細菌叢解析及び特異的Primerを用いたPCR検出を行った結果、メガイアワビのエラにのみ、深海域において共生細菌と知られているイプシロンプロテオバクテリアに属する新規細菌が優占していることを明らかにした。そこで本年度は、メガイアワビに焦点を当て、採取時期の異なる個体に対して細菌叢解析を行い、メガイアワビのエラに由来する細菌構造のデータを蓄積した。さらに、本細菌の特異的Primerを用いたPCR検出法により、本細菌は消化管や腹足といった他の部位ではなく、エラにのみ生息していることを確認した。加えて、メガイアワビのエラ切片を作製し、本細菌の特異的Probeを用いたFISH法により、新規イプシロンプロテオバクテリアはエラ組織の表面にマイクロコロニーを形成して点在している様子を観察した。次に、このメガイアワビに特異的に生息している新規イプシロンプロテオバクテリアの役割を解明するために、メタゲノム解析により本細菌の代謝機能の予測を試みた。昨年度は、エラから抽出したDNAを用いて次世代シーケンサーによる網羅的な解析を行ったものの、得られたゲノム情報の大半を、宿主の遺伝子情報が占めていた。そこで、DNAを抽出する前に本細菌のみを回収する方法を、東京農工大学のモリ准教授の研究室と共同研究で探索した。メガイアワビのエラ組織のホモジナイズサンプルに、本細菌の特異Probeを付与しFACSを用いて本細菌の回収を試みた。現在は蛍光細胞の回収を増やし、再度メタゲノム解析を行っている。これまでの研究成果を一つの論文にまとめ、現在PeerJへ投稿している。

众所周知，一些生活在深水中的海洋无脊椎动物和生活在ill中的细菌具有营养的共生关系，但浅水中仍然有许多未知数。去年，我们分析了各种浅海无脊椎动物的细菌菌群，并使用特定底漆进行了PCR检测，并揭示了属于epsilon蛋白细菌的新型细菌（称为共生细菌），仅在深海地区，仅在Megai Abalone Gills中。因此，今年，我们专注于梅加鲍鱼，对具有不同收集时间的个体进行了微生物群分析，并积累了来自梅加鲍鱼g的细菌结构的数据。此外，使用细菌的特定底漆的PCR检测证实，该细菌仅生活在ill中，而不是其他部分，例如胃肠道或胃足类。此外，制备了兆鲍尔龙的ill切片，并观察到使用细菌的特定探针通过鱼法散射新型的Epsilon蛋白质细菌，并在g组织表面形成微菌囊。接下来，为了阐明专门在这种Megai鲍鱼中生活的新型Epsilon Proteobacteria的作用，我们试图通过元基因组分析来预测该细菌的代谢功能。去年，尽管使用下一代测序仪使用从Gills提取的DNA进行了全面的分析，但宿主遗传信息占了大多数获得的基因组信息。因此，我们探索了一种仅收集该细菌的方法，然后才与东京农业技术大学副教授莫里（Mori）合作提取DNA。巨型鲍鱼ill组织的均质样品对细菌进行了独特的探针，并试图使用FACS恢复细菌。当前，荧光细胞的回收率增加，并再次进行宏基因组分析。到目前为止，他已经将研究结果汇编为一篇论文，目前正在将其发布给Peerj。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

分子生物学的手法を用いた新規イプシロンプロテオバクテリア綱細菌の生息環境の探索

利用分子生物学方法探索新型 Epsilonproteobacteria 类细菌的栖息地

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yukino Mizutani;Kazuki Fujiwara;Satoshi Fukuzaki;Reiji Tanaka;水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士;Yukino Mizutani，Kazuki Fujiwara，Satoshi Fukuzaki，Reiji Tanaka;水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士
通讯作者：
水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士

Detection and isolation of not-yet cultured Epsilonproteobacterium from gills of shallow water invertebrates

浅水无脊椎动物鳃中尚未培养的ε变形杆菌的检测和分离

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yukino Mizutani;Kazuki Fujiwara;Satoshi Fukuzaki;Reiji Tanaka;水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士;Yukino Mizutani，Kazuki Fujiwara，Satoshi Fukuzaki，Reiji Tanaka
通讯作者：
Yukino Mizutani，Kazuki Fujiwara，Satoshi Fukuzaki，Reiji Tanaka

メタゲノム解析を用いた各種浅海由来無脊椎動物のエラ細菌叢比較

使用宏基因组分析比较各种浅海无脊椎动物的鳃细菌菌群

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yukino Mizutani;Kazuki Fujiwara;Satoshi Fukuzaki;Reiji Tanaka;水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士;Yukino Mizutani，Kazuki Fujiwara，Satoshi Fukuzaki，Reiji Tanaka;水谷雪乃，藤原一輝，福﨑智司，田中礼士;水谷雪乃，福﨑智司，田中礼士
通讯作者：
水谷雪乃，福﨑智司，田中礼士

Exploration of uncultured Epsilonproteobacterium in/on the gills of shallow water invertebrates

浅水无脊椎动物鳃中/上未培养的ε变形杆菌的探索