Clarification of Ubiquitous Proton Function in Photoreceptive Proteins by Quantum Molecular Dynamics Simulations

通过量子分子动力学模拟阐明感光蛋白中普遍存在的质子功能

基本信息

批准号：
18H05264
负责人：
Nakai Hiromi
金额：
$ 125.72万
依托单位：
Waseda University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (S)
财政年份：
2018
资助国家：
日本
起止时间：
2018-06-11 至 2023-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18H05264/
关键词：
光受容タンパク質量子的分子動力学法遍在プロトンバクテリオロドプシン FoF1-ATP合成酵素光活性イエロータンパク質励起状態非断熱遷移量子的分子動力学（QMD）法バクテリオロドプシン（BR）光活性イエロータンパク質（PYP）励起状態分割統治型密度汎関数強束縛法励起状態ダイナミクス GPUアクセラレータ

项目摘要

项目成果

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Divide-and-Conquer Linear-Scaling Quantum Chemical Computations

DOI：
10.1021/acs.jpca.2c06965
发表时间：
2023-01-11
期刊：
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY A
影响因子：
2.9
作者：
Nakai，Hiromi;Kobayashi，Masato;Nishimura，Yoshifumi
通讯作者：
Nishimura，Yoshifumi

Finite-temperature-based time-dependent density-functional theory method for static electron correlation systems

静态电子相关系统的基于有限温度的时变密度泛函理论方法

DOI：
10.1063/1.5144527
发表时间：
2020
期刊：
The Journal of Chemical Physics
影响因子：
0
作者：
Yoshikawa Takeshi;Doi Toshiki;Nakai Hiromi
通讯作者：
Nakai Hiromi

Quantum-Mechanical Molecular Dynamics Simulations on Secondary Proton Transfer in Bacteriorhodopsin Using Realistic Models

DOI：
10.1021/acs.jpcb.1c06231
发表时间：
2021-09-28
期刊：
JOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B
影响因子：
3.3
作者：
Nakai, Hiromi;Takemura, Toshiaki;Nishimura, Yoshifumi
通讯作者：
Nishimura, Yoshifumi

Multiscale Simulation of Irregular Shape Evolution during the Initial Stage of Zn Electrodeposition on a Negative Electrode Surface

负极表面锌电沉积初始阶段不规则形状演化的多尺度模拟

DOI：
10.1021/acs.jpcc.1c09569
发表时间：
2022
期刊：
The Journal of Physical Chemistry C
影响因子：
0
作者：
Onabuta Yusuke;Kunimoto Masahiro;Wang Songyi;Fukunaka Yasuhiro;Nakai Hiromi;Homma Takayuki
通讯作者：
Homma Takayuki

Large-scale excited-state nonadiabatic molecular dynamics simulations with divide-and-conquer approach

采用分而治之的方法进行大规模激发态非绝热分子动力学模拟

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hiroki Uratani;Toshiki Morioka;Takeshi Yoshikawa;Hiromi Nakai
通讯作者：
Hiromi Nakai

DOI：
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作者：
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フェロセニウム/フェロセン型電子伝達体の相間移動により駆動する光触媒反応

二茂铁/二茂铁电子载体相转移驱动的光催化反应

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nakada Akinobu;Miyakawa Ryuichi;Itagaki Ren;Kato Kosaku;Takashima Chinami;Saeki Akinori;Yamakata Akira;Abe Ryu;Nakai Hiromi;Chang Ho-Chol;Akinobu Nakada;板垣廉・中田明伸・阿部竜・張浩徹;Akinobu Nakada;Akinobu Nakada;板垣廉・中田明伸・阿部竜・張浩徹;板垣廉・中田明伸・阿部竜・張浩徹
通讯作者：
板垣廉・中田明伸・阿部竜・張浩徹

Organic Synthesis of Polymers

聚合物有机合成

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Katsurayama Yoshino;Ikabata Yasuhiro;Maeda Hajime;Segi Masahito;Nakai Hiromi;Furuyama Taniyuki;Kyoko Nozaki
通讯作者：
Kyoko Nozaki

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使用非晶基离子材料的全固态锂电池

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
Onabuta Yusuke;Kunimoto Masahiro;Wang Songyi;Fukunaka Yasuhiro;Nakai Hiromi;Homma Takayuki;辰巳砂　昌弘
通讯作者：
辰巳砂　昌弘

超伝導量子ビットを用いたマイクロ波光子数分布の測定

使用超导量子位测量微波光子数分布

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nishimura Yoshifumi;Nakai Hiromi;石川豊史，楠山幸一，猪股邦宏，田渕豊，増山雄太，山崎歴舟，宇佐見康二，中村泰信;河野信吾，増山雄太，石川豊史，田渕豊，山崎歴舟，宇佐見康二，中村泰信
通讯作者：
河野信吾，増山雄太，石川豊史，田渕豊，山崎歴舟，宇佐見康二，中村泰信

Nanoscopic mechanical motion of small particles driven by switching of photon force through photo-physicochemical processes

通过光物理化学过程转换光子力驱动小颗粒的纳米机械运动

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kashida Junki;Shoji Yoshiaki;Ikabata Yasuhiro;Taka Hideo;Sakai Hayato;Hasobe Taku;Nakai Hiromi;Fukushima Takanori;Syoji Ito
通讯作者：
Syoji Ito