Development of quantitative analysis method for biofilm using DNA and RNA information, which is applied to evaluation of infection diseases about medical materials.

开发利用DNA和RNA信息的生物膜定量分析方法，应用于医疗材料感染性疾病的评估。

基本信息

批准号：
17K01442
负责人：
小川亜希子
金额：
$ 3万
依托单位：
Suzuka National College of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2017
资助国家：
日本
起止时间：
2017-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

２　０１９年度までに、大腸菌を対象として浮遊状態の細胞とバイオフィルム形成状態の細胞からRNAを抽出し、マイクロアレイを用いて遺伝子発現状態のデータを取得した。２０２１年度は、得られたマイクロアレイデータを元に解析を行い、浮遊状態とバイオフィルム状態間での遺伝子発現を比較した。しかしながら、実施したマイクロアレイでは（１）シグナル検出に必要なラベル標識化において、浮遊状態とバイオフィルム状態間で標識化効率が異なっており、両者間の真の発現状態を反映していない可能性、（２）実験条件ごとの試験数が少なく統計的な比較が困難である、問題点が挙げられた。そのため２０２２年度は、これらの問題点を解決すべくRNA-seqを利用した遺伝子発現解析を計画した。まず、RNA-seqに必要なRNA調製のために浮遊状態の大腸菌ならびにバイオフィルム形成状態の大腸菌からRNA抽出を複数回実施した。しかしながらRNA-seq解析に必要なRNA量を得ることができなかった。したがって２０２３年度は、引き続きRNA-seq解析に必要な高品質RNAの調製を行い、目的とする遺伝子発現解析を実行する。その後、得られた遺伝子発現情報についてマイクロアレイ解析による遺伝子発現情報結果と比較しつつ、バイオフィルム定量に利用可能な遺伝子群の候補を特定する。続いて、それらの遺伝子発現についてバイオフィルム形成過程との関連性を定量PCRで調査し、バイオフィルム定量系を構築していく。

到2019财年，我们已经从大肠杆菌的悬浮细胞和生物膜形成中提取了RNA，并使用微阵列获得了基因表达状态的数据。 2021年，我们根据获得的微阵列数据进行了分析，比较了漂浮状态和生物膜状态之间的基因表达。然而，在进行的微阵列中，(1)信号检测所需的标记效率在漂浮状态和生物膜状态之间不同，并且有可能不能反映两者之间的真实表达状态；问题是每个实验条件的测试数量很少，使得统计比较变得困难。因此，我们计划在2022年利用RNA-seq进行基因表达分析来解决这些问题。首先，为了制备 RNA-seq 所需的 RNA，从悬浮液和生物膜形成中的大肠杆菌中多次提取 RNA。然而，我们无法获得 RNA-seq 分析所需的 RNA 量。因此，2023年，我们将继续制备RNA-seq分析所需的高质量RNA，并进行靶向基因表达分析。之后，将获得的基因表达信息与通过微阵列分析获得的基因表达信息结果进行比较，并鉴定可用于生物膜定量的候选基因组。接下来，我们将利用定量PCR研究这些基因表达与生物膜形成过程之间的关系，并构建生物膜定量系统。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

５種類の細菌とそれが作るバイオフィルム形成の差異について

关于五种细菌之间的差异及其产生的生物膜形成

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
兼松秀行;小川亜希子;平井信充;幸後健;黒田大介;佐野勝彦;Dana Barry
通讯作者：
Dana Barry

異なる構造を持つシラン系樹脂へのバイオフィルム付着性

生物膜对不同结构硅烷树脂的附着力

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
影响因子：
0
作者：
佐野勝彦;兼松秀行;平井信充;黒田大介;小川亜希子;幸後健
通讯作者：
幸後健

微生物が関わる金属腐食

涉及微生物的金属腐蚀

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
生物工学会誌
影响因子：
0
作者：
Shimamori Naoko;Kishino Tomonori;Okabe Naota;Morii Takeshi;Matsushima Satsuki;Yamasaki Satoko;Ohtsuka Kouki;Shibahara Junji;Ohnishi Hiroaki;Watanabe Takashi;小川亜希子
通讯作者：
小川亜希子

製鋼スラグの組成とバイオフィルムを形成する細菌叢との関連

炼钢渣成分与生物膜形成菌群的关系