スプライシング抑制を介した遺伝子発現キャンセル機構の解明

通过剪接抑制阐明基因表达取消机制

基本信息

批准号：
22K15034
负责人：
幡野敦
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Niigata University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

これまでの研究からインスリン刺激によりスプライセオソームがクロマチンから離脱する現象を見出した。このスプライセオソームの離脱はスプライシング効率の低下を引き起こすことが想定され、mRNAの成熟抑制を介した遺伝子発現制御を行っている可能性が考えられる。そこで本研究ではインスリン刺激によるスプライシングの離脱が遺伝子発現に与える影響を評価し、その分子基盤の解明を目指す。まずスプライシングの離脱が遺伝子発現に与える影響を評価するためにスプライセオソームに含まれるSRSF1が実際に遺伝子のゲノム領域に結合するかをChIPを用いて検討した。intron-exon junctionを含む複数の領域に関してPrimerを設計してインスリン刺激による結合の変化を定量的に計測した。またインスリン応答遺伝子の成熟mRNAの安定性およびスプライシング速度を調べるため、スプライシング阻害剤や転写阻害剤を組み合わせた実験系を用いて検討した。成熟mRNAの安定性に関してはより生理的条件での検討を行うため、RNAにBrUを取り込ませる実験によりスプライシング前のRNAと成熟RNAの分解速度を比較した。さらにスプライシングに着目した理由となったクロマチンプロテオミクス（ChEP-DIA法）に関しても実験系を見直し再解析を行った。この方法の開発によりより網羅的に転写因子を含むクロマチン関連分子およびスプライシング関連分子の動態解析が可能となった。これらのデータをもとに遺伝子発現キャンセリングの制御分子機構の解明が進むことが期待できる。

从我们之前的研究中，我们发现剪接体在胰岛素刺激下与染色质分离。剪接体的这种分离被认为会导致剪接效率降低，并且有可能通过抑制 mRNA 成熟来控制基因表达。因此，在本研究中，我们旨在评估胰岛素刺激的剪接撤消对基因表达的影响并阐明其分子基础。首先，为了评估剪接撤消对基因表达的影响，我们使用 ChIP 来检查剪接体中包含的 SRSF1 是否确实与基因的基因组区域结合。为包括内含子-外显子连接在内的多个区域设计了引物，并定量测量了胰岛素刺激诱导的结合变化。此外，为了研究胰岛素反应基因成熟mRNA的稳定性和剪接率，我们使用了剪接抑制剂和转录抑制剂相结合的实验系统。为了考察成熟mRNA在更多生理条件下的稳定性，我们在将BrU掺入RNA的实验中比较了预剪接RNA和成熟RNA的降解率。此外，我们回顾了染色质蛋白质组学的实验系统（ChEP-DIA方法），这是我们关注剪接的原因，并进行了重新分析。该方法的发展使得更全面地分析染色质相关分子的动态成为可能，包括转录因子和剪接相关分子。基于这些数据，预计调节基因表达取消的分子机制的阐明将会取得进展。

项目成果

期刊论文数量（5）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

定量プロテオミクスによるERK活性化不均一性の解析

通过定量蛋白质组学分析 ERK 激活异质性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
田邊ひかる;幡野敦;松本雅記
通讯作者：
松本雅記

細胞溶解が不要なトリプシン消化法の開発

开发不需要细胞裂解的胰蛋白酶消化方法

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
幡野敦;松本雅記
通讯作者：
松本雅記

Transomic analysis of insulin-dependent transcriptional regulation using chromatin proteomics

使用染色质蛋白质组学对胰岛素依赖性转录调控进行转染色体分析

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
幡野敦;松本雅記
通讯作者：
松本雅記

In situ digestion of alcohol-fixed cells for quantitative proteomics

DOI：
10.1093/jb/mvac101
发表时间：
2022-12-01
期刊：
JOURNAL OF BIOCHEMISTRY
影响因子：
2.7
作者：
Hatano，Atsushi;Takami，Tomoyo;Matsumoto，Masaki
通讯作者：
Matsumoto，Masaki

DOI：
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作者：
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幡野敦其他文献

The involvement of NK cell activation following intranasal administration of CpG DNA lipoplex in the prevention of pulmonary metastasis and peritoneal dissemination in mice

鼻内给予 CpG DNA lipoplex 后 NK 细胞活化在预防小鼠肺转移和腹膜播散中的作用

DOI：
10.1007/s10585-011-9429-1
发表时间：
2012
期刊：
Clinical and Experimental metastasis
影响因子：
4
作者：
藤井俊博;他Telescope Arrray Collaboration;T.Fujii for the Telescope Array Collaboration;藤井俊博;幡野敦;幡野敦;幡野敦;Shuwen Zhou・Shigeru Kawakami・Yuriko Higuchi・Fumiyoshi Yamashita・Mitsuru Hashida
通讯作者：
Shuwen Zhou・Shigeru Kawakami・Yuriko Higuchi・Fumiyoshi Yamashita・Mitsuru Hashida