カキ甘渋性決定遺伝子の同定とその機能解析

牡蛎甜味决定基因的鉴定及其功能分析

基本信息

批准号：
16J10408
负责人：
西山総一郎
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-22 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、カキの完全甘ガキ(PCNA)性を支配する対立遺伝子(AST/ast)の同定およびその制御メカニズム解明である。H29年度は以下の研究を行った。1.甘渋性分離後代の果実トランスクリプトーム解析前年度に引き続いてトランスクリプトーム解析を行い、カキ果実のプロアントシアニジン蓄積と負の相関を有する遺伝子群を解析した。これらには防御関連遺伝子の蓄積に特徴がみられ、カキ果実におけるプロアントシアニジンの防御的役割が示唆された。2.AST遺伝子座におけるカキ／マメガキ比較ゲノム解析六倍体であるカキを用いた直接の遺伝解析は困難であることから、カキの二倍体近縁種であるマメガキを利用して参照情報の構築を試みた。前年度に作出したAST周辺領域のマメガキゲノム配列を用いてマーカーを作製し、マメガキ交雑集団 (N = 333) およびカキ甘渋性分離集団 (N = 296) を用いて、AST領域における比較ゲノム解析を行った。同領域にはカキとマメガキ間のゲノムシンテニーが認められ、ASTの座乗領域をマメガキゲノムの約915 kbに相当する領域に同定した。分離後代のRNA-Seqデータおよび、2品種、bulkした10後代の全ゲノムシーケンスデータを取得しAST候補の探索を行った。カキAST座とシンテニーのあるマメガキゲノム915 kbの領域に、トランスクリプトーム解析により示された制御因子の候補は検出されなかった。次にRNA-Seqと全ゲノムシーケンスデータを用いて遺伝子コード領域における候補多型を探索したが、マメガキゲノム915 kbの領域には有力な候補を検出することはこれまでできていない。今後ASTの同定に向けて、六倍体カキにおける配列構築を検討する必要があると考えられる。

这项研究的目的是识别控制牡蛎的完整甜味ROE（PCNA）性质的等位基因（AST/AST），并阐明其调节的机制。 2007年，进行了以下研究。 1。在上一年后的甜和与收敛分离后代的水果转录组分析，进行了转录组分析，以分析与牡蛎果中蛋白毒素积累负相关的基因组。这些特征在于与防御相关基因的积累，这表明原蛋白蛋白在牡蛎果实中的防御作用。 2。对AST基因座牡蛎/豆类鬼魂的比较基因组分析，因为使用牡蛎的直接遗传分析是六倍体的，我们试图使用牡蛎，牡蛎，一种与二倍体相关的牡蛎物种构建参考信息。使用上一年创建的AST外围区域的豆基因组序列产生标记，并使用豆同性恋交叉种群（n = 333）和牡蛎甜且呈涩的隔离人群（n = 296）对AST区域进行了比较基因组分析。在该区域观察到牡蛎和豆类之间的基因组同步，并且将AST的定位区域鉴定为相当于大约915 kb的豆基因组的区域。从两个品种和大量10个后代的分离后代和整个基因组测序数据中获得的RNA-Seq数据被获取并搜索AST候选物。在豆类基因组的915 kb区域中，未检测到候选调节剂，呈牡蛎AST基因座和同步。接下来，使用RNA-SEQ和整个基因组测序数据搜索了遗传编码区域中的候选多态性，但是不可能检测到915 KB豆基因组的区域中的潜在候选物。人们认为，有必要考虑六倍体牡蛎中的序列构建，以准备将来识别AST。

项目成果

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专利数量（0）

カキ甘渋性決定遺伝子座とシンテニィのあるマメガキゲノム領域の解析

牡蛎甜味决定基因位点及牡蛎基因组区域的同线性分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomohisa Kawashima;Shin Mineshige;Ken Ohsuga;Takumi Ogawa;西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三

カキ甘渋性に関するトランスクリプトーム解析

牡蛎甜度的转录组分析

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nishiyama;S.;N. Onoue;A. Kono;A. Sato2;K. Yonemori and R. Tao;西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎

Differential expression analysis of the genes conferring non-astringent trait at the two different loci in Japanese- and Chinese-type pollination constant non-astringent (PCNA) persimmon

日本型和中国型授粉恒定非涩性（PCNA）柿子两个不同位点非涩性基因的差异表达分析