カキ甘渋性決定遺伝子の同定とその機能解析

牡蛎甜味决定基因的鉴定及其功能分析

基本信息

批准号：
16J10408
负责人：
西山総一郎
金额：
$ 1.09万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-22 至 2018-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究の目的は、カキの完全甘ガキ(PCNA)性を支配する対立遺伝子(AST/ast)の同定およびその制御メカニズム解明である。H29年度は以下の研究を行った。1.甘渋性分離後代の果実トランスクリプトーム解析前年度に引き続いてトランスクリプトーム解析を行い、カキ果実のプロアントシアニジン蓄積と負の相関を有する遺伝子群を解析した。これらには防御関連遺伝子の蓄積に特徴がみられ、カキ果実におけるプロアントシアニジンの防御的役割が示唆された。2.AST遺伝子座におけるカキ／マメガキ比較ゲノム解析六倍体であるカキを用いた直接の遺伝解析は困難であることから、カキの二倍体近縁種であるマメガキを利用して参照情報の構築を試みた。前年度に作出したAST周辺領域のマメガキゲノム配列を用いてマーカーを作製し、マメガキ交雑集団 (N = 333) およびカキ甘渋性分離集団 (N = 296) を用いて、AST領域における比較ゲノム解析を行った。同領域にはカキとマメガキ間のゲノムシンテニーが認められ、ASTの座乗領域をマメガキゲノムの約915 kbに相当する領域に同定した。分離後代のRNA-Seqデータおよび、2品種、bulkした10後代の全ゲノムシーケンスデータを取得しAST候補の探索を行った。カキAST座とシンテニーのあるマメガキゲノム915 kbの領域に、トランスクリプトーム解析により示された制御因子の候補は検出されなかった。次にRNA-Seqと全ゲノムシーケンスデータを用いて遺伝子コード領域における候補多型を探索したが、マメガキゲノム915 kbの領域には有力な候補を検出することはこれまでできていない。今後ASTの同定に向けて、六倍体カキにおける配列構築を検討する必要があると考えられる。

本研究的目的是鉴定控制牡蛎完全甜牡蛎（PCNA）性质的等位基因（AST/ast）并阐明其控制机制。 2018财年，我们进行了以下研究。 1.甜涩分离后代果实转录组分析延续去年的转录组分析，分析了柿果实中与原花青素积累呈负相关的基因组。这些特征是防御相关基因的积累，表明原花青素在柿子果实中具有保护作用。 2. 牡蛎/豆牡蛎在 AST 基因位点的比较基因组分析使用牡蛎（六倍体）进行直接遗传分析很困难，因此我们使用牡蛎（牡蛎的二倍体亲戚）来尝试构建它。我们使用前一年创建的 AST 周边区域的豆柿基因组序列创建了标记，并使用豆柿杂交群体（N = 333）和柿涩分离群体（N = 296）在 AST 区域进行了比较基因组分析。）。我做到了。在该区域中观察到牡蛎和豆牡蛎之间的基因组同线性，并且在相当于牡蛎基因组的约915kb的区域中鉴定了AST基因座区域。我们通过获得两个品种的分离后代的 RNA-Seq 数据和 10 个批量后代的全基因组序列数据来搜索 AST 候选者。转录组分析未在豆牡蛎基因组的 915 kb 区域中检测到任何与牡蛎 AST 位点同线性的候选调控因子。接下来，我们利用RNA-Seq和全基因组序列数据来寻找基因编码区的候选多态性，但到目前为止我们还没有能够在豆柿基因组的915 kb区域中检测到任何强候选多态性。为了将来鉴定 AST，有必要研究六倍体牡蛎的序列构建。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

カキ甘渋性決定遺伝子座とシンテニィのあるマメガキゲノム領域の解析

牡蛎甜味决定基因位点及牡蛎基因组区域的同线性分析

DOI：
发表时间：
2017
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tomohisa Kawashima;Shin Mineshige;Ken Ohsuga;Takumi Ogawa;西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野淳・佐藤明彦・牛島幸一郎・山根久代・田尾龍太郎・米森敬三

カキ甘渋性に関するトランスクリプトーム解析

牡蛎甜度的转录组分析

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Nishiyama;S.;N. Onoue;A. Kono;A. Sato2;K. Yonemori and R. Tao;西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎
通讯作者：
西山総一郎・尾上典之・河野　淳・佐藤明彦・米森敬三・田尾龍太郎

Differential expression analysis of the genes conferring non-astringent trait at the two different loci in Japanese- and Chinese-type pollination constant non-astringent (PCNA) persimmon

日本型和中国型授粉恒定非涩性（PCNA）柿子两个不同位点非涩性基因的差异表达分析