ＲＮＡ二次構造におけるゲノムワイドな変異解析アルゴリズムの開発と進化解析への応用

RNA二级结构全基因组突变分析算法的开发及其在进化分析中的应用

基本信息

批准号：
14J00402
负责人：
河口理紗
金额：
$ 1.79万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2014
资助国家：
日本
起止时间：
2014-04-25 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度は、昨年まで取り組んでいたParasoRを用いてin silico構造予測とin vitro/vivo構造予測との比較による、さらなる二次構造予測の精度向上を目指した。我々の解析によって、in vitro/vivoでのハイスループットプロービング解析から得られたRNAの反応性（リアクティビティ）の値を利用した構造予測は、カバレージの低い領域においてはシーケンシングのプロセスにおいて生まれるノイズの影響を強く受けてしまう。このような領域をとりのぞき予測精度を向上させるために、レプリケイト間での再現性を考慮して高精度にRNAのリアクティビティを推定する手法reactIDRの開発を行った。reactIDRにより推定されたリアクテビティを特徴量として構造予測を行う機械学習分類器の構築を行い、18S rRNAの既知構造や転写物全体に対してParasoRによるin silico予測をもとに学習させたところ、高い予測精度を示すことがわかった。将来的には既存の予測モデルに含まれない遠距離の塩基対や、三次構造の影響などを検出などに応用していくことが可能になるのではないかと期待される。本研究結果については追加解析とともに、論文誌に投稿予定である。加えて、昨年度シンシナティ大学においてRNAの塩基の一つであるGTPが生体内、特にがん細胞内で果たす働きに関して、バイオインフォマティクス的な側面から研究を行ったが、今年度はそれらの継続的な研究を行い、その一部を現在実験の結果とあわせて論文として投稿中である。GTPの産生効率の変化はmRNAの転写や翻訳効率と関連があると考えられ、RNAの転写後制御解析に新たな視点を与えられるのではないかと考えている。

今年，我们旨在通过比较硅胶结构预测与使用Parasor的体外/体内结构预测来进一步提高二级结构预测的准确性，直到去年我们一直在研究。我们的分析表明，使用从高覆盖区域中测序过程中产生的噪声产生的噪声对使用从高通量探测分析获得的RNA的反应性值进行的结构预测。为了提高此类领域的PEEP预测的准确性，我们开发了一种反应性方法，该方法考虑到重复之间的可重复性，以高精度估算RNA反应性。我们构建了一个机器学习分类器，该分类器使用反应性估计的反应性作为特征，并训练了基于副媒介中的硅硅预测中已知的18S rRNA和整个转录本，并发现它显示出较高的预测准确性。希望将来，将有可能应用远程基对以及未包含在现有预测模型中检测的第三级结构的影响。这项研究的结果将提交期刊以及其他分析。此外，去年，我们从生物信息学对GTP的功能进行了研究，GTP的功能是RNA的碱基，尤其是在癌细胞中，从生物信息学的角度来看。今年，我们对这些进行了持续的研究，其中一些目前正在作为论文以及我们的实验结果提交。人们认为，GTP生产效率的变化与mRNA转录和翻译效率有关，这可能会为RNA的转录后调控分析提供新的观点。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

IDRを利用したハイスループット構造解析におけるスコアリング手法の開発

使用 IDR 开发高通量结构分析评分方法

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Risa Kawaguchi and Hisanori Kiryu.;河口　理紗
通讯作者：
河口　理紗

ゲノムワイドRNA二次構造解析による転写領域の二次構造的性質

通过全基因组 RNA 二级结构分析转录区域的二级结构特性

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Risa Kawaguchi and Hisanori Kiryu.;河口　理紗;河口　理紗;Risa Kawaguchi;河口理紗;Risa Kawaguchi;河口理紗;河口理紗;Risa Kawaguchi;河口理紗;Risa Kawaguchi;河口理紗
通讯作者：
河口理紗

Parallel computation of genome-scale RNA secondary structure to detect structural constraints on human genome.