Prediction of the Protein O-glycosylation site by Neural Networks and Support Vector Machine

通过神经网络和支持向量机预测蛋白质O-糖基化位点

• 批准号: 19300080
• 负责人: NISHIKAWA Ikuko
• 金额: $ 12.31万
• 依托单位: Ritsumeikan University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2007
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2007 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-19300080/
• 关键词: サポート; ベクタ; マシン; O型糖鎖修飾; 機械学習; 哺乳類タンパク質; 天然変性領域; 膜貫通タンパク質; ニューラルネットワーク; 群発と散発; サポート・ベクター・マシン; 独立成分分析; 糖鎖修飾; サポートベクタマシン; 群発的修飾; モチーフ; 進化的保存; 天然変性タンパク質; 半教師あり学習; アミノ酸配列; 立体構造; 二次構造; データベース

O-Glycosylation sites in the mammalian protein is predicted by the machine learning to elucidate the glycosylation mechanisms. Especially, the crowded and the isolated glycosylation sites are separately considered, and it is found that the former is affected by the amino acid composition of the neighboring sites while the latter is affected by the amino acid sequence, and more detailed characteristics are investigated. O-Glycosylation sites are often found in the intrinsically disordered proteins, which lead to the biological understandings of the conservation property, the role in the structural stability and so on. Biological experiments are also executed for a verification of the prediction.

通过机器学习预测哺乳动物蛋白质中的 O-糖基化位点，以阐明糖基化机制。特别是，分别考虑拥挤和孤立的糖基化位点，发现前者受邻近位点的氨基酸组成影响，而后者受氨基酸序列影响，并研究了更详细的特征。 O-糖基化位点通常存在于本质上无序的蛋白质中，这导致了对其保守性、结构稳定性的作用等的生物学理解。还进行了生物学实验来验证预测。

项目成果

Prediction of the O-Glycosylation by Support Vector Machines and Semi-supervised Learning

通过支持向量机和半监督学习预测 O-糖基化

• DOI: 10.1007/978-3-642-02490-0_120
• 发表时间: 2008-11-25
• 作者: Hirotaka Sakamoto;Y. Nakajima;K. Sakakibara;M. Ito;I. Nishikawa
• 通讯作者: I. Nishikawa

地産地消型電力ネットワークの為のNatural Actor-Criticを用いた自動取引エージェントの構築

使用Natural Actor-Critic构建本地生产和本地消费电力网络的自动交易代理

• 发表时间: 2009
• 作者: 谷口忠大; 高木圭太; 榊原一紀; 西川郁子
• 通讯作者: 西川郁子

Sphingomyelins in Four Ascidians, Ciona intestinalis, Halocynthia roretzi, Halocynthia aurantium, and Styela clava.

四海鞘、海鞘、Halocynthia roretzi、Halocynthia aurantium 和 Styela clava 中的鞘磷脂。

• 发表时间: 2009
• 作者: Masahiro Ito; Kazuhito Yokoi; Takashi Inoue; Shogo Asano; Rei Hatano; Ryota Shinohara; Saki Itonori; Mutsumi Sugita
• 通讯作者: Mutsumi Sugita

A spatio-chromatic ICA Based noise reduction in color images

基于空间色 ICA 的彩色图像降噪

• 发表时间: 2008
• 作者: Xiian

Independent Component Analysis Based Ring Artifact Reduction in Cone-Beam CT Images

基于独立分量分析的锥束 CT 图像环伪影减少

• 发表时间: 2009
• 作者: Yen