Detection method for quantifying global DNA methylation byfluorescence correlation spectroscopy

荧光相关光谱定量整体DNA甲基化的检测方法

基本信息

批准号：
23701087
负责人：
UMEZU Tomohiro
金额：
$ 2.16万
依托单位：
Tokyo Medical University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

A method for quantifying global DNA methylation using fluorescence correlation spectroscopy (FCS) has been established. The single-molecule methylation assay (SMMA) is based on two methodologies. One methodology, FCS, estimates the translational diffusion coefficient of molecules in solution, whereas the other methodology uses the high affinity of methyl-CpG-binding domain protein 2 (MBD2) to bind specifically to methylated DNA. We studied the specific binding rates of fluorescence-labeled MBD2 and methylated DNA from biological samples using the automated FCS system. Using a standard curve with methylated control DNA, we developed the SMMA index to assess the global DNA methylation level of the biological samples. A marked decrease in the SMMA index was observed when human leukemia cell lines (U937 and K562) were cultured with DNA demethylating agents. Our findings clearly indicate the applicability of SMMA as a simple and rapid tool for quantifying global DNA methylation. SMMA may prove useful for genome-wide comparative methylation analyses of malignancies and as an indicator of the demethylation effects of epigenetic drugs.

已经建立了一种使用荧光相关光谱 (FCS) 量化全局 DNA 甲基化的方法。单分子甲基化测定 (SMMA) 基于两种方法。一种方法 FCS 估算溶液中分子的平移扩散系数，而另一种方法则利用甲基 CpG 结合域蛋白 2 (MBD2) 的高亲和力与甲基化 DNA 特异性结合。我们使用自动化 FCS 系统研究了荧光标记的 MBD2 和生物样品中甲基化 DNA 的特异性结合率。使用甲基化对照 DNA 的标准曲线，我们开发了 SMMA 指数来评估生物样本的整体 DNA 甲基化水平。当用 DNA 去甲基化剂培养人白血病细胞系（U937 和 K562）时，观察到 SMMA 指数显着下降。我们的研究结果清楚地表明 SMMA 作为量化全球 DNA 甲基化的简单而快速的工具的适用性。 SMMA 可能对恶性肿瘤的全基因组比较甲基化分析有用，并可作为表观遗传药物去甲基化作用的指标。

项目成果

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专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

1 分子蛍光分析法によるDNA メチル化度の定量法の開発

开发利用单分子荧光分析定量 DNA 甲基化程度的方法

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
大屋敷純子;梅津知宏;大屋敷倫代;小林千晶;大屋敷一馬
通讯作者：
大屋敷一馬

Clinical impact of down-regulated plasma miR-92a levels in non-Hodgkin's lymphoma.

DOI：
10.1371/journal.pone.0016408
发表时间：
2011-02-24
期刊：
PloS one
影响因子：
3.7
作者：
Ohyashiki K;Umezu T;Yoshizawa S;Ito Y;Ohyashiki M;Kawashima H;Tanaka M;Kuroda M;Ohyashiki JH
通讯作者：
Ohyashiki JH

Epigenetic aberration in leukocytes of patients with myelodysplastic syndrome.

骨髓增生异常综合征患者白细胞的表观遗传畸变。