Analysis of gene regulatory networks in Boolean models

布尔模型中的基因调控网络分析

• 批准号: 23700017
• 负责人: TAMURA Takeyuki
• 金额: $ 1.25万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2011
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2011 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-23700017/
• 关键词: 遺伝子制御ネットワーク; ブーリアンモデル; 定常状態; アルゴリズム; 数理モデル; 代謝ネットワーク; 計算量理論; 充足可能性問題; バイオインフォマティクス; 整数計画法; 動的計画法

The Boolean network (BN) is a discrete mathematical model for describing regulatory relationship of genes in cells. Although problems for finding stable states of BNs and control strategies are known to be NP-hard, they are often solvable for middle size networks due to recent high performance computing vie exact algorithms and/or integer programming-based methods.In this research, exact algorithms for finding attractors of period 2 were developed. Furthermore, integer programming-based methods were developed for problems for finding singleton attractors, control of BNs, and control of attractors.

布尔网络（BN）是一个分散的数学模型，用于描述细胞中基因的调节关系。尽管已知发现BNS和控制策略稳定状态的问题是NP-HARD，但由于最近的高性能计算VIE的确切算法和/或基于整数编程的方法，它们通常可以解决中间尺寸网络。此外，开发了基于整数编程的方法，用于查找单身吸引子，控制BNS和对吸引子的控制的问题。

项目成果

論文リスト

论文列表

Predicting essential genes via impact degree on metabolic networks

通过对代谢网络的影响程度预测必需基因

• 发表时间: 2011
• 作者: K. Makino;S. Tamaki; M. Yamamoto;Takeyuki Tamura
• 通讯作者: Takeyuki Tamura

Efficient Exponential Time Algorithms for Edit Distance between Unordered Trees

无序树间编辑距离的高效指数时间算法

• DOI: 10.1007/978-3-642-31265-6_29
• 发表时间: 2012
• 期刊: Lecture Note in Computer Science
• 作者: Tatsuya Akutsu;Takeyuki Tamura;Daiji Fukagawa;Atsuhiro Takasu
• 通讯作者: Atsuhiro Takasu

A polynomial-time algorithm for computing the maximum common subgraph of outerplanar graphs of bounded degree

有界外平面图最大公共子图的多项式时间算法

• 发表时间: 2012
• 作者: Takeyuki Tamura;Tatsuya Akutsu
• 通讯作者: Tatsuya Akutsu

Finding optimal control policy in probabilistic Boolean Networks with hard constraints by using integer programming and dynamic programming

• DOI: 10.1504/ijdmb.2013.053306
• 发表时间: 2013-01-01
• 期刊: INTERNATIONAL JOURNAL OF DATA MINING AND BIOINFORMATICS
• 影响因子: 0.3
• 作者: Chen, Xi;Akutsu, Tatsuya;Ching, Wai-Ki
• 通讯作者: Ching, Wai-Ki