グループVIII ERFの下流に位置するHR細胞死関連遺伝子の探索

寻找位于 VIII 组 ERF 下游的 HR 细胞死亡相关基因

基本信息

批准号：
11J08011
负责人：
小賀田拓也
金额：
$ 0.83万
依托单位：
Tokyo University of Agriculture and Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2012
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-11J08011/
关键词：
AP2/ERF 過敏感細胞死タバコモザイクウイルス N遺伝子 EARモチーフ

项目摘要

平成24年度の研究計画では、グループVIII ERFに対するChIP-sequenceのライブラリー調製と、次世代シークエンサーのランを実行し、シークエンスデータの解析と、下流ターゲット遺伝子を同定までを計画していた。植物材料としてシロイヌナズナの培養細胞T87を用意し、前年度までに確立したライブラリー調製法をもとに、一過的遺伝子導入とクロマチン免疫沈降を行いChIP-DNAサンプルを調製し、ライブラリーを作製することが出来た。このChIP-seqライブラリーを用い、イルミナ社の次世代型シークエンサーGAIIxによりランを行った。ライブラリーはマルチプレックスライブラリーとし、計2ラン(2レーン分)を実行し、合計約30Mリードのランデータを得ることが出来た。得られたシークエンスデータはクオリティーチェックを行い、参照配列へのマッピングとChIPピークの同定を行った。この結果、計303ピークが同定され、さらにこれらのマッピングデータからゲノム上の位置の確認とモチーフ探索を行い、最終的にグループVIII ERFの下流遺伝子候補として計25遺伝子に絞り込むことが出来た。各候補遺伝子に対する詳細な解析は行えておらず、グループVIII ERFの下流に位置し、HR細胞死誘導に関与する遺伝子として同定するためには、25の遺伝子それぞれについて生化学的な解析や遺伝子機能解析を行うなどして候補の絞り込みをする必要があると考えられた。この間にグループVIII ERF遺伝子に関して,個々の遺伝子機能やグループ全体の特徴など新たな知見が得られており、これらの研究成果については別途まとめてPlant Science誌へ報告した。また、本研究課題の実施内容を含む報告を第15回国際分子・植物・微生物相互作用学会で発表した。次世代シークエンサーによるChIP-sequenceの最終的な解析結果は、データ解析を進め論文投稿準備を進めている。

在2012年的研究计划中，我们计划为VIII ERF组准备一个芯片序列库，并运行下一代序列，分析序列数据并识别下游目标基因。培养的拟南芥细胞T87作为植物材料制备，使用库制备方法直到上一年，通过短暂基因转移和染色质免疫沉淀制备芯片-DNA样品，并制备使用芯片-DNA样品，制备了文库。该芯片序列库用于使用Illumina的下一代Sequencer Gaiix运行。该库是一个多重库，总共进行了2次运行（2条车道），并获得了总计约3000万读的运行数据。所获得的序列数据质量检查，并映射到参考序列并鉴定出芯片峰。结果，总共确定了303个峰，并确认了基因组的位置，并从这些映射数据中进行了基序搜索，并将搜索的最后一轮范围缩小到总共25个基因作为VIIII组的下游基因候选者。尚未进行对每个候选基因的详细分析，并且为了将其识别为位于VIII组的下游基因，并参与了HR细胞死亡诱导，因此人们认为必须通过对25个基因的每个基因进行生物化学分析和基因功能分析来缩小候选者的范围。在此期间，已经获得了有关VIII ERF基因的新发现，包括单个基因功能和整个组的特征，并且这些研究结果已分别报告给《植物科学杂志》。此外，第15届国际分子，植物和微生物相互作用学会提出了包括该研究主题的实施的报告。下一代测序仪的芯片序列的最终分析结果正在分析，并准备提交数据。