下水由来遺伝子配列の点突然変異解析に基づいた胃腸炎ウイルス感染者数推定手法の開発

开发基于污水源基因序列点突变分析的胃肠炎病毒感染人数估算方法

基本信息

批准号：
11J04434
负责人：
三浦尚之
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度は, 前年度に決定したノロウイルス(GII.4型)カプシドタンパク質遺伝子の塩基配列について, 感染者内分散と感染者間分散の割合をAMOVA (analysis of molecular variance)により推定した。その結果, 全体の遺伝的分散への感染者内分散と感染者間分散の寄与度は, それぞれ48%と52%だった。したがって, ノロウイルスGII. 4は非常に強い突然変異によって感染者内の分散を作り出し, 同時に自然選択か遺伝的浮動の影響によって, 感染者間の分散も維持していることが示された。ノロウイルスの進化に関して, ウイルス学的に重要な知見が得られた。また, ノロウイルス陽性試料を効率的にスクリーニングする方法として前年度に開発したリアルタイムRT-PCRアッセイについて, 今年度も継続して環境試料(下水および二枚貝)への適用性を評価した。開発したアッセイによってノロウイルス遺伝子陽性と判定されたすべての試料からは, GI, GH, GIVのいずれかまたは複数のノロウイルス株が検出された。開発したアッセイは, 糞便, 環境水, 二枚貝試料のスクリーニングに有用である。さらに, A群ロタウイルスに対するワンステップリアルタイムRT-PCRを開発し, 二枚貝へのロタウイルスの蓄積性を調べた。A群ロタウイルス(HAL1166株およびSA11株)は, ノロウイルスと比較してカキおよびムール貝に蓄積しにくいことがわかった。また, ロタウイルスに汚染されたムール貝の加熱調理によるロタウイルスの生残性を調べたところ, 加熱時間が増加するにしたがって, 感染価は減少した。5分間の加熱調理で1.7log感染価が減少したが, ムール貝からは感染性を保持したロタウイルスが検出された。

今年，诺如病毒（GII.4）辛酸基因基因的比率是上一年决定的，是通过AMOVA（分子方差分析）估算的，是感染和解释的解释性人的百分比。结果，对整体感染和互动解释的贡献分别为48％和52％。因此，结果表明，诺如病毒GII 4具有非常强大的突变，可以在感染者内部产生多样化，同时由于自然选择或遗传浮动而保持感染者之间的分散。关于诺如病毒的进化，获得了病毒和重要知识。此外，今年不断评估了上一个财政年度的实时RT-PCR分析作为一种有效的筛查诺如病毒阳性样品的有效方法，以评估环境样本（污水和binatas）。所有被开发的测定法检测到GI，GH，GIV的任何或多个诺如病毒库存，所有样品都被发现为诺如病毒基因阳性。开发的测定方法可用于筛选粪便粪便，环境水和Bibi -shellfish样品。此外，为轮状病毒组开发了一步实时的RT-PCR，并检查了轮状病毒在大壳鱼上的积累。已经发现，与诺如病毒相比，Rotovirus（HAL1166和SA11）组在牡蛎和贻贝中更难积聚。此外，当检查了轮状病毒加热引起的轮状病毒的残留性，检查了轮状病毒污染的贻贝时，随着加热时间的增加，感染值下降。五分钟的加热降低了1.7对数感染值，但从贻贝中检测到带有感染的轮状病毒。