下水由来遺伝子配列の点突然変異解析に基づいた胃腸炎ウイルス感染者数推定手法の開発

开发基于污水源基因序列点突变分析的胃肠炎病毒感染人数估算方法

基本信息

批准号：
11J04434
负责人：
三浦尚之
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for JSPS Fellows
财政年份：
2011
资助国家：
日本
起止时间：
2011 至 2013
项目状态：
已结题

项目摘要

今年度は, 前年度に決定したノロウイルス(GII.4型)カプシドタンパク質遺伝子の塩基配列について, 感染者内分散と感染者間分散の割合をAMOVA (analysis of molecular variance)により推定した。その結果, 全体の遺伝的分散への感染者内分散と感染者間分散の寄与度は, それぞれ48%と52%だった。したがって, ノロウイルスGII. 4は非常に強い突然変異によって感染者内の分散を作り出し, 同時に自然選択か遺伝的浮動の影響によって, 感染者間の分散も維持していることが示された。ノロウイルスの進化に関して, ウイルス学的に重要な知見が得られた。また, ノロウイルス陽性試料を効率的にスクリーニングする方法として前年度に開発したリアルタイムRT-PCRアッセイについて, 今年度も継続して環境試料(下水および二枚貝)への適用性を評価した。開発したアッセイによってノロウイルス遺伝子陽性と判定されたすべての試料からは, GI, GH, GIVのいずれかまたは複数のノロウイルス株が検出された。開発したアッセイは, 糞便, 環境水, 二枚貝試料のスクリーニングに有用である。さらに, A群ロタウイルスに対するワンステップリアルタイムRT-PCRを開発し, 二枚貝へのロタウイルスの蓄積性を調べた。A群ロタウイルス(HAL1166株およびSA11株)は, ノロウイルスと比較してカキおよびムール貝に蓄積しにくいことがわかった。また, ロタウイルスに汚染されたムール貝の加熱調理によるロタウイルスの生残性を調べたところ, 加熱時間が増加するにしたがって, 感染価は減少した。5分間の加熱調理で1.7log感染価が減少したが, ムール貝からは感染性を保持したロタウイルスが検出された。

今年，使用分子方差分析（AMOVA）估算了诺如病毒（GII.4）衣壳蛋白基因的核苷酸序列（GII.4），以确定感染者与受感染者之间的方差之间的方差之比。结果表明，感染和感染的方差对整体遗传方差的贡献分别为48％和52％。因此，结果表明，诺如病毒GII.4通过非常强大的突变在受感染者中创造了差异，同时通过自然选择或遗传浮动的影响来维持感染者之间的差异。关于诺病毒的进化，已经获得了重要的病毒学发现。此外，对上一年开发的实时RT-PCR分析是一种有效筛选诺如病毒阳性样品的方法，以评估其对环境样品（污水和双壳类）的适用性。通过发达的测定，在所有确定对诺如病毒基因呈阳性的样品中检测到所有OROVIRUS菌株或诺如病毒菌株。开发的测定方法可用于筛选粪便，环境水和双壳类样品。此外，开发了用于研究双壳类病毒的轮状病毒的一步实时RT-PCR。与诺如病毒相比，发现轮状病毒（菌株HAL1166和SA11菌株）在牡蛎和贻贝中积聚的可能性较小。此外，当我们研究由轮状病毒污染的贻贝烹饪引起的轮状病毒的存活时，随着加热时间的增加，传染性滴答降低。烹饪5分钟后，传染性滴度减少了1.7 log，但在贻贝中仍发现了感染性轮状病毒。