Analysis of promoter-proximal pausing of transcription by using insertional chromatin immunoprecipitation(iChIP)

使用插入染色质免疫沉淀 (iChIP) 分析启动子近端转录暂停

• 批准号: 22710185
• 负责人: FUJITA Toshitsugu
• 金额: $ 2.58万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2011
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22710185/
• 关键词: 遺伝子発現調節; c-fos; iChIP; 転写

To understand mechanisms of promoter-proximal pausing of transcription, we aimed to specifically isolate the promoter-proximal region of the c-fos gene and to identify molecules(proteins, DNA, RNA) binding to the isolated region by using insertional chromatin immunoprecipitation(iChIP). As a step of iChIP, we constructed a targeting vector for insertion of the binding elements of LexA, a bacterial DNA-binding protein, around the c-fos promoter-proximal region. We are now conducting gene targeting with the vector. On the other hand, we optimized iChIP for isolation of low copy number of a target genomic region and identification of proteins and RNA binding to the region.

为了了解启动子近端转录暂停的机制，我们旨在特异性分离 c-fos 基因的启动子近端区域，并通过使用插入染色质免疫沉淀 (iChIP) 来鉴定与分离区域结合的分子（蛋白质、DNA、RNA） ）。作为 iChIP 的一个步骤，我们构建了一个靶向载体，用于在 c-fos 启动子近端区域插入 LexA（一种细菌 DNA 结合蛋白）的结合元件。我们现在正在利用该载体进行基因打靶。另一方面，我们优化了 iChIP，用于分离低拷贝数的目标基因组区域并鉴定与该区域结合的蛋白质和 RNA。

项目成果

ホームページ

主页

特定ゲノム領域の単離方法

分离特定基因组区域的方法

• 发表时间: 2010

挿入的クロマチン免疫法を利用したインスレーター分子の同定

使用插入染色质免疫分析鉴定绝缘体分子

• 发表时间: 2011
• 作者: 藤田敏次;藤井穂高
• 通讯作者: 藤井穂高