Automated NMR signal assignment with self-learning system efficently using database

通过有效使用数据库的自学习系统自动分配 NMR 信号

• 批准号: 22570116
• 负责人: KOBAYASHI Naohiro
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Osaka University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010-04-01 至 2013-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22570116/
• 关键词: NMR; データベース; シグナル帰属; 自動化; 機械学習; シグナル; 帰属; GPU; 学習型; 最適化

NMR analysis provides not only structural information of macromolecules but also the important information about ligand interaction and dynamics which are related to drug design. In this project, a system including programs which automate NMR signal assignments. The performance that are expected from beginning of the project has been achieved a practical automated sequence specific assignments of backbone NMR signals. During this project, a quantitative assessment of consistency between NMR structure and assigned chemical shifts, and a method for automated identification of ordered region in NMR structure ensemble were published in the international journals. The programs developed in this project have been implemented in an integrate platform for NMR analysis and its demo version can be available from the web-site on the institute for protein research in University Osaka.

NMR分析不仅提供了大分子的结构信息，还提供了与药物设计有关的有关配体相互作用和动态的重要信息。在此项目中，一个系统，包括自动化NMR信号分配的程序。从项目开始就可以实现了骨干NMR信号的实用自动序列特定分配的预期性能。在该项目期间，对NMR结构和指定的化学转移之间的一致性进行了定量评估，以及一种自动鉴定NMR结构集合中有序区域的方法，发表在国际期刊上。该项目开发的程序已在NMR分析的集成平台中实施，可以从大阪大学蛋白质研究所的网站上获得其演示版本。

项目成果

ビッグデータ時代の生体高分子NMRデータベース、BioMagResBank (BMRB)その有効利用とわが国における現状

大数据时代生物聚合物NMR数据库BioMagResBank（BMRB）的有效利用以及日本的现状

• 发表时间: 2013
• 期刊: 日本核磁気共鳴学会機関誌
• 作者: 野村紀通;ら;Naohiro Kobayashi;小林直宏
• 通讯作者: 小林直宏

新しいデータ構造、データ評価法、自動解析技術によるNMR解析ツール群の開発

使用新数据结构、数据评估方法和自动分析技术开发NMR分析工具

• 发表时间: 2010
• 作者: Masanori Okanishi;Tim O'Hara;Toshihiko Fujita;小林直宏;Noahiro Kobayashi;Noahiro Kobayashi;小林直宏;小林直宏;小林直宏
• 通讯作者: 小林直宏

MagRO-NMRView

MagRO-NMRView

A robust method for quantitative identification of ordered cores in an ensemble of biomolecular structures by non-linear multi-dimensional scaling using inter-atomic distance variance matrix

• DOI: 10.1007/s10858-013-9805-z
• 发表时间: 2014-01-01
• 期刊: JOURNAL OF BIOMOLECULAR NMR
• 影响因子: 2.7
• 作者: Kobayashi, Naohiro

仮想化技術による生体高分子NMR解析環境およびBMRBデータベースサーバーの統合化

利用虚拟化技术集成生物聚合物NMR分析环境和BMRB数据库服务器

• 发表时间: 2012
• 作者: Masanori Okanishi;Tim O'Hara;Toshihiko Fujita;小林直宏
• 通讯作者: 小林直宏