Development of the library programs for massively parallel calculation of fragment molecular orbital method

碎片分子轨道法大规模并行计算库程序的开发

• 批准号: 22550015
• 负责人: INADOMI Yuichi
• 金额: $ 3.08万
• 依托单位: Kyushu University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22550015/
• 关键词: フラグメント分子軌道法; 超並列化; アプリケーションプログラムインターフェイス(API); 生物物理化学

To carry out the effective massively parallel calculation of the fragment molecular orbital (FMO) method, we developed the parallel FMO program, OpenFMO. In addition, we probed the hierarchical structure of the FMO program and designed the interface of subprograms (modules) to make it easy to cooperate with the computer scientists and computer engineers to improve the performance of the parallel FMO program. In this study, we implemented the high performance FMO program and confirmed its high parallelization efficiency. And it was shown that the modules designed and implemented in this work was useful to construct the parallel FMO program in short time.

为了进行片段分子轨道（FMO）方法的有效平行计算，我们开发了平行的FMO程序OpenFMO。此外，我们还探究了FMO程序的层次结构，并设计了子程序（模块）的界面，以使与计算机科学家和计算机工程师合作变得易于提高并行FMO程序的性能。在这项研究中，我们实施了高性能FMO计划，并确认了其高平行效率。结果表明，这项工作中设计和实施的模块对于在短时间内构建并行FMO程序很有用。

项目成果

OpenFMOにおけるフラグメント電子状態計算部分の高並列化

OpenFMO中碎片电子态计算部分高度并行化

• 发表时间: 2011
• 作者: 島崎真由子;瀧上隆智(他2名);稲富雄一
• 通讯作者: 稲富雄一

並列FMOプログラムOpenFMOの超並列化への取り組み

并行 FMO 程序 OpenFMO 大规模并行化的努力

• 发表时间: 2011
• 作者: T. Takamuku;T. Shimomura;M. Tachikawa;and R. Kanzaki;稲富雄一
• 通讯作者: 稲富雄一

フラグメント分子軌道法の高性能化

提高碎片分子轨道方法的性能

• 发表时间: 2012
• 作者: 野路竜平;小堀康博;稲富雄一
• 通讯作者: 稲富雄一

スーパーコンピュータ「京」におけるマスタ・ワーカ型プログラミングモデルの検討

超级计算机“K”主从编程模型研究

• 作者: M.Shimasaki;T.Takiue;T.Shimomura;K. Komatsu;高田 崇二郎;村井均,南一生,横川三津夫,梅田宏明,佐藤三久,辻美和子,稲富雄一,青柳睦,中島真
• 通讯作者: 村井均,南一生,横川三津夫,梅田宏明,佐藤三久,辻美和子,稲富雄一,青柳睦,中島真

並列FMOプログラムOpenFMOの超並列化

并行FMO程序OpenFMO的大规模并行化

• 发表时间: 2010
• 作者: K. Komatsu;A. Takamine;Y. Mizugai;and H. Maeda;稲富雄一
• 通讯作者: 稲富雄一