Protein structural data mining based on the Neighborhood Fragment Spectra representation

基于邻域片段谱表示的蛋白质结构数据挖掘

• 批准号: 22500130
• 负责人: KATO Hiroaki
• 金额: $ 2.33万
• 依托单位: Toyohashi University of Technology
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2010
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2010 至 2012
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-22500130/
• 关键词: 分子構造情報処理; 三次元構造類似性; タンパク質構造分類; データマイニング; 分子生命情報学; 分子構造データベース; タンパク質モチーフ; 近傍フラグメント; タンパク質立体構造; 分子グラフ; 構造活性相関; 近傍フラグメントスペクトル

In the present work, the author has proposed the Neighborhood Fragment Spectra (NFS) method to describe structural feature of a given molecule. It has applied for sequenceand structural similarity analysis of proteins using the reduced represe ntation of complex and large protein structures. The developed method including an automated classification of quaternary structures is one of the key technologies for protein structural data mining.

在目前的工作中，作者提出了邻里碎片光谱（NFS）方法来描述给定分子的结构特征。它已使用复合物和大蛋白质结构的繁殖率降低了蛋白质的测序结构相似性分析。开发的方法，包括四元结构的自动分类，是蛋白质结构数据挖掘的关键技术之一。

项目成果

Three-dimensional protein structural data mining based on the NFS representation

基于NFS表示的三维蛋白质结构数据挖掘

• 发表时间: 2013
• 作者: Hiroaki Kato;and Masaaki Iitsuka
• 通讯作者: and Masaaki Iitsuka

系統樹表現に基づく分子の関係ネットワークの可視化システムの開発

基于系统发育树表示的分子关系网络可视化系统的开发

• 发表时间: 2012
• 作者: 檜山綾乃;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明

遺伝的アルゴリズムを用いた分子ライブラリデザインシステムの開発

利用遗传算法开发分子库设计系统

• 发表时间: 2013
• 作者: 森本孝朗;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明

構造活性相関研究のための分子の三次元特徴フラグメント辞書の作成

创建用于结构-活性关系研究的分子三维特征片段字典

• 发表时间: 2011
• 作者: 松田貴人;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明

アミノ酸残基の周辺環境に注目したGPCRの配列特徴解析システムの開発

开发关注氨基酸残基周围环境的GPCR序列特征分析系统

• 发表时间: 2010
• 作者: 家村享明;檜山綾乃;加藤博明
• 通讯作者: 加藤博明