A mitogenomic supermatrix approach to resolve phylogeny and evolution of species-rich clades: Development of method and its applications to fishes

用于解决物种丰富的进化枝的系统发育和进化的线粒体基因组超级矩阵方法：方法的开发及其在鱼类中的应用

基本信息

批准号：
22370035
负责人：
MASAKI Miya
金额：
$ 11.98万
依托单位：
Natural History Museum and Institute, Chiba
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
财政年份：
2010
资助国家：
日本
起止时间：
2010 至 2012
项目状态：
已结题

项目摘要

Resolution of phylogenetic relationships among members of a species-rich clade is inherently difficult because it requires longer sequences from a large number of taxa. Freshwater fishes of the order Cypriniformes represent one of such species-rich clades, with over 4,000 species currently recognized that have been placed in 6+ families, each with poorly defined subfamilies and/or tribes. This study attempted comprehensive resolution of the cypriniform phylogenies by combining a mitogenomic tree as a backbone constraint for the robust higher-level relationships and numerous partial sequences downloaded from GenBank for the reconstruction of lower-level relationships within the constrained clades. Also this supermatrix approaches were applied to fishes of Gobioidei and Otophysi, both including numerous species (ca. 2,000 spp. and 8,000 spp, respectively) and exhibiting different habitat preferences (principally marine vs. freshwater). The mitogenomic tree of the Cypriniformes was based … More on 602 sequences (including 6 outgroups) and the resulting best-scoring ML tree is congruent with the previous molecular phylogenies based on both mitogenomes and nuclear genes. A total of 17,057 partial sequences from cypriniforms were available from GenBank and they were sorted into 9 mitochondrial genes from 1,073 species, of which 1,039 species were those from the cyt b gene alone. 機関番号：８２５０３研究種目：基盤研究 (B) 研究期間：2011～2013 年課題番号：22370035 研究課題名（和文）ミトゲノム超行列による巨大クレードの包括的な進化史解明：方法論の確立と実際研究課題名（英文）A mitogenomic supermatrix approach to resolve phylogeny and evolution of species-rich clades: Development of method and its applications to fishes 研究代表者宮正樹（Masaki Miya）千葉県立中央博物館・自然誌・歴史研究部・動物学研究科・科長研究者番号：30250137 The supermatrix was constructed by combining 602 mitogenomic and 1,073 partial sequences and it was subjected to partitioned ML analysis using the mitogenomic tree as a backbone constraint. The best-scoring ML tree derived from 24 runs using a fast bootstrap (BS) option in RAxML places all species from the partial sequences (1,073 spp.) in reasonable positions, with 62.2% of the internal branches being supported by .80% BS probabilities. In addition whole mitogenome sequences from 152 gobioid and 120 otophysan were assembled to provide robust phylogenies for these groups of fishes and the trees will be used in the subsequent supermatrix analyses. Less

物种富含进化枝的成员之间的系统发育关系是固有的，因为从e的数量分类单元中的序列序列较长。通过将树作为稳健的高级关系和众多部分序列的天体来定义的。 8,000 spp，尊敬的人）和表现出不同的栖息地偏好与淡水）。基因。从GenBank获得了17,057个属性序列，并从1,073种的线粒体基因中排序，从Cyt B基因组成：82503研究类型。〜2013年年度分配：研究问题（日本）有丝分裂基因的综合进化历史：方法论和实际研究的修订（英语）和物种富裕进化枝的演变：方法的发展及其对鱼类（Masaki Miya）千叶片的应用博物馆，自然杂志，历史研究，研究人员Upermatrix是通过组合602个有丝分裂组和1,073个部分序列来构建的，并通过使用树作为骨干束从24种运行中衍生的ML进行分区的ML分析。）在合理位置的RAXML PLACESS中，所有物种都来自部分序列（1,073 spp。），其中有62.2％的BS概率为152个gobioid和120个耳po虫。树木将在后续的超级材料分析中使用。

项目成果

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会议论文数量（0）

专利数量（0）

Phylogenetic relationships of catostomid fishes (Actinopterygii: Cypriniformes) based on mitochondrial ND4/ND5 gene sequences

DOI：
10.1016/j.ympev.2009.06.006
发表时间：
2010-03-01
期刊：
MOLECULAR PHYLOGENETICS AND EVOLUTION
影响因子：
4.1
作者：
Doosey, Michael H.;Bart, Henry L., Jr.;Miya, Masaki
通讯作者：
Miya, Masaki

ミトコンドリアゲノム全長配列に基づく魚類の分岐年代推定

根据全长线粒体基因组序列估计鱼类的分化日期

DOI：
发表时间：
2011
期刊：
影响因子：
0
作者：
井上潤;宮正樹;西田睦
通讯作者：
西田睦

Molecular phylogeny of the fishes traditionally referred to Cyprinini sensu stricto (Teleostei : Cyprinifonnes)

传统上将鱼类的分子系统发育称为Cyprinini sensu stricto（Teleostei：Cyprinifonnes）

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
Zoological Scripta
影响因子：
0
作者：
Yang;L.;R.L.Mayden;T.Sado;S.He;K.Saitoh;M.Miya
通讯作者：
M.Miya

ウナギ目の新科を発見:パラオの海底洞窟に生息する「生きた化石」

发现新的鳗鱼目家族：生活在帕劳水下洞穴中的“活化石”

DOI：
发表时间：
2010
期刊：
影响因子：
0
作者：
Takeshita K.;Yamashita E.;Hyodo K;Matsuda M.Yamashita E.;宮正樹・井田齊・G. David Johnson・坂上治郎・佐土哲也・朝日田卓
通讯作者：
宮正樹・井田齊・G. David Johnson・坂上治郎・佐土哲也・朝日田卓

MitoFish

水户鱼