A proteomic analysis of sample embedded in paraffin from patients with interstitial lung diseases

对间质性肺病患者石蜡包埋样本进行蛋白质组学分析

基本信息

批准号：
21591005
负责人：
HAYASHI Shinichi
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Nihon University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
财政年份：
2009
资助国家：
日本
起止时间：
2009 至 2011
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、びまん性肺疾患の病変組織をレーザーマイクロダイセクション(LMD)で切り出した後、プロテオミクス解析とTissue microarray(TMA)による解析を行い、病変部位の蛋白質発現の網羅的解析と、そのデータをもとにした、びまん性肺疾患病変部位の蛋白質の相互作用ネットワークを明らかにすることを目的としている。平成22年度までに、パラフィン包埋組織切片だけからトリプシン処理後にLC-MSで行った検討では、ケラチンとアルブミンしか同定することが出来なかった。本来であれば定量性のある検討を行う予定であったが、まず定性的に蛋白質が検出できるように、複数の切片からの検体をまとめて処理をする、また凍結切片からの検体も検討する。ケラチンの混入を防ぐ環境を作る。などの検討を行ってきたが、満足なデータは得られていないのが現状である。LMDで得られた検体は、通常mRNAを抽出してRT-PCRなどの非常に感度の高い方法で検索されることが多いが、今回の研究では、研究担当者のプロテオミクス研究の経験を生かして、微量のサンプルでも網羅的解析ができるのではないかと挑戦したが、技術的に困難な点が多かった。肺癌などの組織のLMDからプロテオミクス解析を行った報告は幾つかあるため、本研究も充分実施可能かと考えられたが、その違いは不明である。蛋白質発現を網羅的にネットワーク解析する観点は、びまん性肺疾患の病態を明らかにする手法として有用であると考えられるので、LMDなどによる組織選択性に拘らずに、まずは組織ホモジネートの解析などを先行すべきであった。

这项研究的目的是通过激光显微解剖（LMD）对弥漫性肺部疾病的病变组织进行切除，然后使用组织微阵列（TMA）对蛋白质微阵列（TMA）进行蛋白质组学分析和分析，以全面分析病变部位的蛋白质表达，并阐明与差异Lung Lung疾病的蛋白质相互作用网络的相互作用网络。到2010年，仅从石蜡包裹的组织切片中胰蛋白酶插入后LC-MS进行的研究只能鉴定角蛋白和白蛋白。最初，计划了一项定量研究，但首先将一起处理来自多个部分的标本，以便可以定性地检测蛋白质，并还将检查来自冷冻部分的标本。创建一个防止角蛋白污染的环境。我们已经进行了此类考虑，但是目前的情况是我们无法获得令人满意的数据。使用LMD获得的样品通常是从mRNA中提取的，并使用非常敏感的方法（例如RT-PCR）进行搜索，但是在这项研究中，我们质疑我们可以利用研究人员在蛋白质组学研究中的经验来进行全面的分析，即使是少量样本，但是有很多技术困难。已经有几份关于肺癌组织中LMD的蛋白质组学分析的报道，因此这项研究被认为足以实施，但差异尚不清楚。蛋白质表达的综合网络分析被认为是阐明弥漫性肺部疾病病理的一种方法，因此，无论由于LMD等而导致的组织选择性如何，都应首先分析组织匀浆。