Combinatorial structures and algorithms commonly included in codes and pooling designs for genetic experiments

组合结构和算法通常包含在遗传实验的代码和池设计中

• 批准号: 18340024
• 负责人: JIMBO Masakazu
• 金额: $ 9.88万
• 依托单位: Nagoya University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2006
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2006 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-18340024/
• 关键词: pooling experiment; グループテスト; positive detecting algorithm; 確率伝搬法; BP; CCCP; LDPC; 組合せデザイン; ベイジアンネットワーク; Steiner quadruple system; LDPC符号; 遺伝子情報解析; ベイジアンネットワー; Fingerprint code; conflict-avoiding code; pooling experiment; グループテスト; positive detecting algorithm; 確率伝搬法; BP; CCCP; LDPC; 組合せデザイン; ベイジアンネットワーク; Steiner quadruple system; LDPC符号; 遺伝子情報解析; ベイジアンネットワー; Fingerprint code; conflict-avoiding code

In this research project, we elucidate combinatorial structures and algorithms commonly included in codes and pooling designs for genetic experiments by investigating that the combinatorial structure and algorithm for pooling designs are similar to those of LDPC codes. We developed a belief propagation algorithm to detect positive items among large amount of items and showed that it is effective also for our positive detecting algorithm. And, we clarify the property of combinatorial structures which are useful for our algorithm. Moreover, we consider applications of combinatorial designs to the fields of codes, information transmission and cryptography.

在该研究项目中，我们通过研究合并设计的组合结构和合并算法与LDPC代码的组合结构和算法相似，阐明了代码和汇总设计中通常包含的组合结构和算法。我们开发了一种信念传播算法来检测大量项目中的阳性项目，并表明它对我们的阳性检测算法也有效。而且，我们阐明了对我们算法有用的组合结构的属性。此外，我们考虑组合设计在代码，信息传输和密码学领域的应用。