脊椎動物ゲノムにおける嗅覚受容体多重遺伝子族の分子進化

脊椎动物基因组中嗅觉受体多基因家族的分子进化

基本信息

批准号：
17710162
负责人：
新村芳人
金额：
$ 2.18万
依托单位：
Tokyo Medical and Dental University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2005
资助国家：
日本
起止时间：
2005 至 2007
项目状态：
已结题

项目摘要

哺乳類における嗅覚受容体(OR)多重遺伝子族の進化のダイナミクスを知るために、カモノハシ・オポッサム・ウシ・イヌ・ラット・マカクザル・チンパンジーのドラフトゲノム配列から全OR遺伝子を同定し、以前同定したヒト・マウスのOR遺伝子と共に分子進化解析を行った。遺伝子の系統樹をもとに、進化過程における遺伝子数の増減を推定する統計的手法を開発し、この手法をOR遺伝子に適用した。その結果、(1)単孔類・有袋類との分岐後に、有胎盤類の系統でOR遺伝子数の爆発的増加が起きたこと、および(2)哺乳類の異なる目に至る各系統で、数百もの遺伝子消失・獲得が起きたことが明らかになった。(2)は、哺乳類の異なる目の間で、OR遺伝子数の総数は類似している(約1,000)ものの、そのレパートリーは大きく異なることを示している。本成果はPLoS ONE誌に掲載された。また、ハーバード大学の郷康広研究員と共同で、マカクザル・チンパンジー・ヒトの間でのOR遺伝子の詳細な比較解析を行った。従来言われていた説とは異なり、ヒト・チンパンジー間では偽遺伝子化の傾向にほとんど差がないことを明らかにした。しかし一方で、ヒトとチンパンジーではオーソロガスな機能遺伝子が75%しか保存されておらず、OR機能遺伝子のレパートリーが大きく異なっていることも明らかになった。本成果は、現在Molecular Biology and Evolution誌に投稿中である。更に、社団法人バイオ産業情報化コンソーシアムと共同で、ヒトOR遺伝子のデータベースを作成し、ウェブ上で公開した。また、化学受容体の分子進化に関していくつかのレビューを執筆するとともに、Henry Stewart Talksシリーズで英語ナレーション付きオーディオ教材を製作した。以上の成果は、国内・海外の学会やシンポジウムで報告した。

为了了解嗅觉受体（OR）套管受体（或）多个基因部落的进化动力学，抗绒布，Ohsum，Rat，Macusal Chimpanzee和Gene的基因组草案鉴定了所有或基因用小鼠或基因进行分析。基于遗传树，已经开发了一种估计进化过程中基因数量增加或减少的统计方法，并且该方法已应用于或基因。结果，（1）单孔和垃圾分支后，器官在胎盘系统中爆炸，并且（2）导致哺乳动物的不同眼睛的每个系统发生了。（2）表明在哺乳动物的不同眼中的总数或基因数量相似（大约1,000个），但它们的曲目显着差异。该结果发表在PLOS ONE中。与哈佛大学的Yasuhiro Go合作，对Macaxal Chimpanzee人类之间的基因进行了详细的比较分析。与过去所说的理论不同，他透露，人类和黑猩猩之间的趋势几乎没有差异。另一方面，另一方面，发现只有75％的矫式功能基因保留在人类和黑猩猩中，并且或功能基因的曲目显着差异。该结果目前已发布在分子生物学和进化中。此外，与生物工业信息联盟合作，为人类或基因的数据库创建并在网络上发布了数据库。除了撰写有关化学受体分子演化的评论外，我们还在亨利·斯图尔特（Henry Stewart）的Talks系列中制作了用英语叙述的音频教材。上述结果是在国内和海外会议和研讨会上报告的。

项目成果

期刊论文数量（0）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

脊椎動物嗅覚受容体遺伝子族の起源と進化

脊椎动物嗅觉受体基因家族的起源和进化

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
Niimura;Y.;新村芳人
通讯作者：
新村芳人

Extensive gains and losses of olfactory receptor genes in mammalian evolution.

DOI：
10.1371/journal.pone.0000708
发表时间：
2007-08-08
期刊：
PLOS ONE
影响因子：
3.7
作者：
Niimura, Yoshihito;Nei, Masatoshi
通讯作者：
Nei, Masatoshi

Encyclopedia of Life Sciences

DOI：
10.5260/chara.13.3.19
发表时间：
2012
期刊：
The Charleston Advisor
影响因子：
0
作者：
S. Kendall
通讯作者：
S. Kendall

Diversity of preferred nucleotide sequences around the translation initiation codon in eukaryote genomes.

DOI：
10.1093/nar/gkm1102
发表时间：
2008-02
期刊：
Nucleic acids research
影响因子：
14.9
作者：
Nakagawa S;Niimura Y;Gojobori T;Tanaka H;Miura K
通讯作者：
Miura K

嗅覚受容体多重遺伝子族の進化ダイナミクス

嗅觉受体多基因家族的进化动力学

DOI：
发表时间：
2007
期刊：
影响因子：
0
作者：
Niimura;Y.;新村芳人
通讯作者：
新村芳人

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新村芳人其他文献

グルメなサル，鼻の利かないサル

美食猴子，讨厌猴子

DOI：
10.14894/faruawpsj.57.3_185
发表时间：
2021
期刊：
Farumashia
影响因子：
0
作者：
Akhtar;M. S.;Ashino;R.;Oota;H.;Ishida;H.;Niimura;Y.;Touhara;K.;Melin;A. D. and Kawamura;S.;新村芳人
通讯作者：
新村芳人