ゲノム情報と逆遺伝学を利用した膜タンパク質複合体の同定

使用基因组信息和反向遗传学鉴定膜蛋白复合物

基本信息

批准号：
13206083
负责人：
松岡健
金额：
$ 3.9万
依托单位：
The Institute of Physical and Chemical Research
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas (C)
财政年份：
2001
资助国家：
日本
起止时间：
2001 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究では、分泌系関連遺伝子の機能解析に焦点をあて、分泌系の理解の進んでいない植物に属しゲノムの塩基配列決定が完了しているシロイヌナズナのゲノム情報と逆遺伝学的及び生化学的手法の組み合わせによりタンパク質複合体を同定する方法を確立し、確立した方法を用いて膜タンパク質複合体の網羅的な同定を行うことを本研究の目的としている。そのために本年度は次の2項目の解析を遂行することを予定していた。(1)植物小胞体膜蛋白質透過装置と原核細胞リポ多糖合成酵素ホモログを含む複合体の同定。(2)マイクロアレイ法を用いた分泌系膜蛋白質をコードするcDNAの系統的同定(1)の項目に関しては、これらの解析過程で膜蛋白質複合体可溶化条件の系統的な同定法の開発を行うことを目標としていた。そこで、膜蛋白質複合体の可溶化のための各種の界面活性剤スクリーニングを、短時間でかつ効率良く行う方法の開発を行った。マイクロタイタープレートと、マルチチャンネルピペッター、卓上微量超遠心機を組み合わせることにより、これまでに16種の異なる界面活性剤を用いた可溶化条件の検討を2日以内に終えることができる系を開発した。(2)の項目に関しては、タバコ培養細胞BY-2株由来のESTを約9000クローンを張り付けたマイクロアレイを作成し、それを用いた遺伝子発現解析の至適化を行った。これと平行して、既知の分泌系関連遺伝子の発現が、細胞の培養過程でどのように変化するかを検討した。

本研究重点关注分泌系统相关基因的功能分析，利用反向遗传学和生化方法对拟南芥属植物的基因组信息进行了分析，拟南芥属于一种对分泌系统了解甚少且基因组已完全测序的植物。本研究的目的是建立一种组合方法鉴定蛋白质复合物的方法，并利用所建立的方法全面鉴定膜蛋白复合物。为此，今年我们拟开展以下两项分析。 (1)含有植物内质网膜蛋白渗透装置和原核脂多糖合酶同系物的复合物的鉴定。 (2) 使用微阵列法系统鉴定编码分泌膜蛋白的cDNA (1) 关于第(1)项，我们将开发一种在这些分析过程中系统鉴定膜蛋白复合物溶解条件的方法。因此，我们开发了一种快速有效地筛选各种用于增溶膜蛋白复合物的表面活性剂的方法。通过结合微量滴定板、多通道移液器和台式微量离心机，我们开发了一种系统，使我们能够在两天内研究使用 16 种不同表面活性剂的溶解条件。关于第 (2) 项，我们创建了包含约 9000 个源自培养烟草细胞系 BY-2 的 EST 克隆的微阵列，并用它来优化基因表达分析。与此同时，我们研究了已知的分泌系统相关基因的表达在细胞培养过程中如何变化。