機能的四倍体であるアムールチョウザメの分子遺伝マーカー開発

功能性四倍体鲟鱼分子遗传标记的开发

• 批准号: 26450256
• 负责人: 東 典子
• 金额: $ 3.24万
• 依托单位: Hokkaido University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (C)
• 财政年份: 2014
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2014-04-01 至 2017-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-26450256/
• 关键词: アムールチョウザメ; 分子遺伝マーカー; STR; 遺伝的多様性; 系統解析; 水産養殖の遺伝的管理; マイクロサテライトマーカー; 倍数性

次世代シーケンスシステムによって、飼育下のアムールチョウザメ１個体のゲノムの網羅的解析を行い、Short tandem repeat（STR) 領域を含む約400bpの配列を数万配列抽出、整理し、その中で変異が出そうでかつジェノタイピング可能と思われる300配列について、PCRプライマーを設計し、その中から２段階の選抜を経て、国内に流通しているアムールチョウザメの親子判定・血縁判定などに有効とみられる28座を特定した。さらにこのマーカーの有効性を、飼育系統の３組の親子（計96個体）で確認し、最終的に最も有効で再現性の高いマーカーとして11座を選定した。マーカーのうち8座は3塩基モチーフ、3座は2塩基モチーフの繰り返し配列を含んでいた。3塩基モチーフのほうが遺伝子型判定がしやすいというメリットがあり、良質なマーカーを確立できたことになる。確立したマーカーによって、他の飼育系統魚のほか、北海道周辺に来遊した天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングも試みた。これによって、マーカーの有効性が確立しただけでなく、天然魚の遺伝的多様性が飼育系統に比べてかなり高いことがわかった。また、ここで開発したマーカーだけでなく、ミトコンドリアDNAの部分配列・核DNAの部分配列、既報のSTRマーカーによる解析も試み、天然アムールチョウザメ・来遊個体数が多いダウリアチョウザメ・アムール＋ダウリア雑種を、形態によらず分子マーカーのみで判別する方法も開発した。この、天然アムールチョウザメの遺伝子プロファイリングについては、学会発表（日本水産学会平成28年度秋季大会）および国際誌での論文発表（Azuma et al. 2016, Ichthyological Research)を行った。

使用下一代测序系统，我们对圈养单个Amur st鱼的基因组进行了全面分析，提取和有组织的数十万个序列的大约400 bp的序列，包括短串联重复（STR）区域，并设计了300个序列的PCR引物，可能是突变的，并且可能是在两个序列中进行了突变的序列，并在两个序列中进行了依赖，并在28个序列中进行了选择，并选择了28个序列。在日本各地分布的阿穆尔st鱼的亲子和血液关系。此外，该标记的有效性已在育种线中的三个父和子集（总共96个个体）中得到证实，并选择了11个基因座作为最有效和高度可重现的标记。在标记中，八个基因座包含一个三基序的重复序列和三个基序。三个基序的优势是它更容易基因型，这使得能够建立高质量的标记。有了既定的标记，我们还试图分析其他繁殖鱼的基因以及在北海道周围旅行的天然阿穆尔st鱼。这不仅确定了标记的有效性，而且还表明天然鱼的遗传多样性明显高于繁殖线的遗传多样性。除了这里开发的标记外，我们还试图分析线粒体DNA，核DNA和先前报道的STR标记的部分序列，并开发了一种方法，并开发了一种方法来区分天然的Amur Sturgeons，Dauria Sturgeons，Amur + Dauria杂种，这些杂种具有大量的本地Amur Sturgeons，仅使用了许多人，而是使用Morlortol of Mornoloth of Mornoll of Mornoll of corm of nor corm of nercor corm of nor corm of sol的人。关于这种自然的st鱼的基因分析，举行了一次会议（日本渔业科学与技术学会的2016年秋季会议），并在国际杂志上发表了一篇论文（Azuma等，2016，Ichthyologoly Research）。

项目成果

Genetic characterization of Amur sturgeon Acipenser schrenckii and its hybrid caught around Hokkaido

• DOI: 10.1007/s10228-016-0544-5
• 发表时间: 2016
• 期刊: Ichthyological Research
• 影响因子: 1.2
• 作者: N. Azuma;S. Hagihara;Masaki Ichimura;Y. Takagi;K. Ura;S. Adachi

北海道に来遊したアムールチョウザメ野生魚の遺伝的特徴

来到北海道的鲟鱼野生鱼的遗传特征

• 发表时间: 2016
• 作者: 東 典子;萩原 聖士;都木 靖彰;浦 和寛;足立 伸次;市村 政樹
• 通讯作者: 市村 政樹