Molecular studies of mammalian evolution around Wallacea

华莱士周围哺乳动物进化的分子研究

• 批准号: 21KK0130
• 负责人: 今井 啓雄
• 金额: $ 12.31万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-10-07 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0130/
• 关键词: 味覚; 毛色

今井と寺井、糸井川は、研究員のYanと共に2022年10月にインドネシアを訪問し、ボゴール農科大学でRNA抽出とライブラリ作成の系の構築を行った。特に糸井川とYanは、ボゴール農大にてRNA抽出システムの構築並びに抽出方法の最適化を実施した。スラウェシ島南東部にてM. ochreataとM. brunnescensのサンプリングを行った。また、糸井川は公共データベースに登録されている全ゲノムアセンブリから有袋類MC1R配列を取得し、PCR増幅用のプライマーを設計した。また同手法と設計したプライマー配列をインドネシア側の研究者・学生に共有した。辻は2023年2-3月にインドネシアを訪問し、１）ボゴール農科大学との共同研究、２）西ジャワ州パガンダラン自然保護区でのジャワルトン、カニクイザルの調査並びに研究連絡、３）西ジャワ州テラガワルナ自然保護区でのカニクイザルの調査と研究連絡を行った。これらの海外での活動をもとに、帰国後は合成DNAライブラリについてexon capturingを行い、exon領域だけを抽出した。すべてのライブラリの配列を均等に決定できるように混合し、Illumina社のHiseqXシークエンサーにより配列を合計120 Gb決定した。決定した配列をアカゲザルの参照ゲノム配列にマッピングし、スラウェシマカクのexon由来の配列の比率を算出した。その結果マカク由来の配列は70-90%とexon由来の配列が濃縮されていることが確認された。実際の配列の総量は、個体ごとに7 -13 Gb であり、カバレージ(exon配列を何回決定したかの指標)を求めると40-60xとなり、解析に十分な量の配列が決定されていることが確認できた。

Imai、Terai 和 Itoikawa 与 Yan 研究员于 2022 年 10 月访问印度尼西亚，并在茂物农业大学建立了 RNA 提取和图书馆创建系统。特别是，Itoikawa和Yan在茂物农业大学构建了RNA提取系统并优化了提取方法。 M. ochreata 和 M. brunnescens 在苏拉威西岛东南部采样。 Itoikawa 还从公共数据库中注册的全基因组组装中获得了有袋动物 MC1R 序列，并设计了用于 PCR 扩增的引物。印度尼西亚研究人员和学生也分享了相同的方法和设计的引物序列。辻于2023年2月-3月访问印度尼西亚，1）与茂物农业大学联合研究，2）西爪哇省巴甘达兰自然保护区的贾瓦通和食蟹猴调查和研究联络，3）西爪哇省进行了食蟹猴调查。特拉加瓦纳自然保护区的猕猴并进行研究联络。基于这些海外活动，回到日本后，我们对合成DNA文库进行了外显子捕获，并仅提取了外显子区域。将所有文库混合，以便可以均匀地确定序列，并使用 Illumina HiseqX 测序仪确定了总共 120 Gb 的序列。将确定的序列映射到恒河猴参考基因组序列，并计算源自苏拉威西猕猴外显子的序列的比例。结果证实，70-90%的猕猴源序列富含外显子源序列。每个个体的实际序列总量为 7-13 Gb，覆盖度（外显子序列确定次数的指标）为 40-60x，表明已确定了足够数量的序列用于分析。被证实。

项目成果

Effects of food availability and its seasonal changes on the dietary habits of wild silvery lutungs (Trachypithecus cristatus) in a coastal forest in west Sumatra, Indonesia

印度尼西亚苏门答腊岛西部沿海森林中食物供应及其季节变化对野生银鸫（Trachypithecus cristatus）饮食习惯的影响

• DOI: 10.1163/14219980-20210703
• 发表时间: 2022
• 期刊: Folia Primatologica
• 影响因子: 1.9
• 作者: Akbar Muhammad Azhari;Rizaldi;Perwitasari-Farajallah Dyah;Tsuji Yamato
• 通讯作者: Tsuji Yamato

Evolution of the primate glutamate taste sensor from a nucleotide sensor

• DOI: 10.1016/j.cub.2021.08.002
• 发表时间: 2021-08
• 期刊: Current Biology
• 影响因子: 9.2
• 作者: Yasuka Toda;T. Hayakawa;Akihiro Itoigawa;Yosuke Kurihara;Tomoya Nakagita;Masahiro Hayashi;R. Ashino-

Seasonal changes in dietary compositions of the Malayan flying lemur (Galeopterus variegatus) with reference to food availability

马来亚飞狐猴（Galeopterus variegatus）膳食成分随食物供应量的季节性变化

• DOI: 10.1007/s13364-022-00658-y
• 发表时间: 2022
• 期刊: Mammal Research
• 影响因子: 1.5
• 作者: Takatsuki Seiki;Tsuji Yamato;Prayitno Bambang;Widayati Kanthi Arum;Suryobroto Bambang
• 通讯作者: Suryobroto Bambang

卵生哺乳類における苦味受容体の機能多様性と進化.

卵生哺乳动物苦味受体的功能多样性和进化。

• 发表时间: 2022
• 作者: 糸井川壮大;早川卓志;Zhou Y;Manning AD;Zhang G;Grutzner F;今井啓雄.
• 通讯作者: 今井啓雄.

Novel DNA markers and coat color differentiation in Sulawesi macaques.

苏拉威西猕猴的新型 DNA 标记和毛色分化。

• 发表时间: 2022
• 作者: 糸井川壮大;早川卓志;Zhou Y;Manning AD;Zhang G;Grutzner F;今井啓雄.;Xiaochan Yan
• 通讯作者: Xiaochan Yan