Wastewater-based genomic epidemiology on international comparison and transportation of SARS-CoV-2 variants and antimicrobial resistance

基于废水的基因组流行病学，关于 SARS-CoV-2 变体和抗菌素耐药性的国际比较和传播

• 批准号: 21KK0073
• 负责人: 本多 了
• 金额: $ 12.23万
• 依托单位: Kanazawa University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Fund for the Promotion of Joint International Research (Fostering Joint International Research (B))
• 财政年份: 2021
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2021-10-07 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/grant/KAKENHI-PROJECT-21KK0073/
• 关键词: 新型コロナウイルス; 薬剤耐性; 下水疫学

タイ・バンコクの下水処理場３箇所において採水を開始したが，下水の濁度が小さいことが判明したため，採水容量を大幅に増やして前処理方法の再検討を行い，10月より改良した前処理法による採水を開始した。タイ・バンコクの河川およびカナルサンプルにおいて16S rRNA遺伝子に基づく系統解析を実施した。インドにおいては，ガンディナガール州とグワハティ州の２箇所の下水処理場で毎週採水を行い，新型コロナウイルスの濃度測定を継続し，現地にて鉄共沈法によるウイルス濃縮などの前処理を実施したサンプルを冷凍保存している。しかし，薬剤耐性とウイルス変異株解析用の前処理が指定された手法で行われていなかったため，前処理法について再指導を行い4月から改めて採水を開始した。また，3月に採水を行っている下水処理場の視察を行い，流入下水と汚泥試料を採取した。また，現地にて採取した試料の分析・配列解析等の委託を行うGujarat Biotechnology Research Centerを訪問し，解析手法等について打ち合わせと確認を行った。スリランカについては，現地の治安状況が安定であったことから採水開始を延期していたが，治安状況が回復したため令和5年度開始に合わせて採水を開始することとなった。新型コロナウイルスの変異株解析手法については，配列解析前に十分なウイルスRNAコピー数の確保が必要なことが前年度の結果で明らかになったため，より大容量の下水からウルスRNAの濃縮と抽出を行う方法を比較検討した。３種類の不活化SARS-CoV-2変異株を等量で添加した下水を用いた試験を行い，変異株割合を正確に得るために必要な下水容量と最適な抽出キットを明らかにした。また，浴槽水，下水，都市環境を対象にした16S rRNAアンプリコンとショットガンシークエンシングから得られたメタゲノム配列群に対する細菌叢比較や検体に特異的に存在するメタゲノム配列群の検出手法の開発を行った．

水采样是在泰国曼谷的三个污水处理厂开始的，但发现污水浊度很小，因此我们大大增加了水的能力，重新审查了预处理方法，并开始使用改进的预处理方法收集水。基于16S rRNA基因的系统发育分析在泰国曼谷的河流和运河样品中进行。在印度，每周在甘迪纳加尔和古瓦哈蒂的两个污水处理厂收集水，而Covid-19的浓度继续进行测量，并且在现场预处理的样品（例如使用铁共沉淀的病毒浓度）被冷冻。但是，由于未使用指定方法对病毒突变菌株的耐药性和预处理进行分析，因此我们重新实现了预处理方法，并于4月开始重新暴露水。此外，三月份，我们检查了正在收集水的污水处理厂，并收集了抽水的污水和污泥样品。我们还参观了古吉拉特邦生物技术研究中心，该研究中心委托对现场收集的样本进行了分析和顺序分析，并讨论并确认了分析方法。在斯里兰卡，由于稳定​​的当地安全状况，收集水的开始被推迟，但是随着安全状况的恢复，收集水的决定始于2023年2023年开始的开始。关于新颖的冠状病毒突变菌株的分析，从上一年开始的结果，从上一年开始进行了足够的序列序列，因此我们必须在序列上进行启动，因此我们必须进行序列的启动，因此我们的方法要启动了，因此，我们的方法要启动了，因此，我们的方法要启动了，因此，我们将启动的方法进行了比较。大量的污水。使用含量相等的三个灭活的SARS-COV-2突变体的污水进行测试，并确定准确获得突变体比率并确定最佳提取套件所需的污水处理能力。我们还比较了从16S rRNA扩增子和用于浴缸水，污水和城市环境的shot弹枪测序获得的宏基因组序列，并开发了一种检测样品中特异性元基因组序列的方法。

项目成果

Kasetsart University/Chulaborn Research Institute/Mahidol University(タイ)

农业大学/朱拉伯恩研究所/玛希隆大学（泰国）

浴槽水中のレジオネラ属菌とその微生物叢の多様性の関係

浴缸水中军团菌与其微生物区系多样性的关系

• 发表时间: 2023
• 作者: Sabar Muhammad Adnan;Honda Ryo;Haramoto Eiji;Kazuho Nakamura;Ryo Honda;奥長正基，久代健太，井畑綾乃，堀江怜平，近藤昭宏，阿部貴志
• 通讯作者: 奥長正基，久代健太，井畑綾乃，堀江怜平，近藤昭宏，阿部貴志

University of Petroleum & Energy Studies/Gujarat Biotechnology Research Center(インド)

石油与能源研究大学/古吉拉特邦生物技术研究中心（印度）

Universitas Negeri Makassar(インドネシア)

望加锡大学（印度尼西亚）

Ruhuna University(スリランカ)

鲁胡纳大学（斯里兰卡）