トランスクリプトーム・シストローム統合解析による肺小細胞癌転写ネットワークの解明

通过转录组-顺反组整合分析阐明小细胞肺癌转录网络

基本信息

批准号：
16K18437
负责人：
堀江真史
金额：
$ 2.66万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Young Scientists (B)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2017-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE)から51細胞株の小細胞癌(SCLC)のトランスクリプトームのデータを入手しクラスタリング解析・主成分分析等を行ったところ、1. ASCL1 high、2. NeuroD1 high、3. YAP/TAZ highの3つのクラスターに分類された。E-MTAB-2706に登録されている30種類のSCLCのRNA-seqのデータを用いても同様の結果が得られた。YAP/TAZ, ASCL1. NeuroD1の高発現はそれぞれexclusiveである傾向が観察された。それぞれのクラスターにおける細胞の形態学的特徴を観察したところ、YAP/TAZ highのsubgroupでは接着系のphenotypeが多く、ASCL1 highのsubgroupでは浮遊系のphenotypeが多かった。In vitroでは、H209, Lu134A, Lu134B, Lu139, SBC3, SBC5の6つのSCLC細胞株を用いてYAP・TAZの発現を確認したところ、SBC3ではYAP/TAZの高発現、SBC5ではYAPの高発現が確認された。これらの細胞においてsiRNAを用いてYAPのノックダウンを行ったところ、細胞形態が小型・円形に変化した。YAPの下流の遺伝子をmicroarrayにより探索したところ、AJUBAやAMOTL2などの遺伝子が同定された。さらにsiRNAによりAJUBAのノックダウンを行ったところ、YAPのノックダウンと同様に細胞形態の小型・円形化が認められ、YAP-AJUBAのシグナルが細胞形態の維持に関与している可能性が示唆された。最後にYAP/TAZのdrug sensitivityへの影響を検討した。公開されているSCLC細胞株のIC50のデータを用いてYAP/TAZ highとlowのsubgroupにおける薬剤感受性の比較したところ、YAP/TAZ high群では、SCLCの治療でよく使われるEtoposideやTopotecanなどの薬剤へのIC50が有意に低くこれらの薬剤への治療反応性が高いと考えられた。またYAP/TAZ high群ではあらたにPLK inhibitorやmTOR inhibitorのIC50が明らかに低いことが判明し、これらの新規薬剤がYAP/TAZ high群で有効となる可能性が示唆された。

我们从癌细胞系百科全书（CCLE）获取了51个细胞系的小细胞癌（SCLC）转录组数据，并进行了聚类分析和主成分分析，发现1. ASCL1高，2. NeuroD1高，3被分类为三簇：YAP/TAZ 高。使用 E-MTAB-2706 中注册的 30 种 SCLC 的 RNA-seq 数据获得了类似的结果。 YAP/TAZ、ASCL1 和 NeuroD1 的高表达往往是排他性的。当我们观察各簇细胞的形态特征时，我们发现YAP/TAZ高亚组具有更多的粘附表型，而ASCL1高亚组具有更多的漂浮表型。在体外，我们使用H209、Lu134A、Lu134B、Lu139、SBC3和SBC5这6种SCLC细胞系证实了YAP/TAZ的表达，发现SBC3高表达YAP/TAZ，SBC5高表达YAP。确认的。当在这些细胞中使用 siRNA 敲低 YAP 时，细胞形态变为小而圆形。当使用微阵列寻找 YAP 下游基因时，发现了 AJUBA 和 AMOTL2 等基因。此外，当使用 siRNA 敲低 AJUBA 时，与 YAP 敲低类似，细胞形态变得更小、更圆，表明 YAP-AJUBA 信号可能参与维持细胞形态。最后，我们检查了 YAP/TAZ 对药物敏感性的影响。使用已发表的 SCLC 细胞系 IC50 数据比较 YAP/TAZ 高亚组和低亚组的药物敏感性，发现常用于治疗 SCLC 的依托泊苷和拓扑替康等药物在 YAP/TAZ 高亚组中更有效这些药物的 IC50 显着较低，表明这些药物对治疗高度敏感。此外，发现PLK抑制剂和mTOR抑制剂的IC50在YAP/TAZ高组中明显较低，表明这些新药可能对YAP/TAZ高组有效。