集団遺伝学に基づく疾患関連遺伝子検出理論の整備

基于群体遗传学的疾病相关基因检测理论发展

基本信息

批准号：
15012239
负责人：
舘田英典
金额：
$ 1.54万
依托单位：
Kyushu University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2003
资助国家：
日本
起止时间：
2003 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-15012239/
关键词：
遺伝学ゲノム進化集団遺伝学有害遺伝子頻度創始者効果

项目摘要

ヒト集団を想定し、過去に集団サイズの変化(創始者効果など)が起こった場合について、中立マーカー遺伝子の変異から計算されるTajima's D等の統計量の性質を明らかにした。またヒト集団での配列レベルでの多型データがSNPを探索する過程等で多く蓄積されてきているので、これらのデータを集団遺伝学的に解析し、特に日本人集団における過去の集団構造の特質を、他の集団と比較し、また自然淘汰が働いている可能性を検討した。1.創始者効果があり集団サイズが一旦減少した後指数的に増加した場合を仮定して、中立遺伝子座での、Tajima's D等の中立統計量の性質について理論的に解析した。これまでこのような場合直感的に遺伝子系図が星形になると言われてきたが、この研究で集団サイズ増加率が増大すると漸近する系図をまず求め、この系図のもとでの統計量の平均・分散と分布及びその漸近の仕方を計算機実験により調べた。また系図が星形となる極限に関する条件も求めた。2.ヒト複数集団におけるFut2,Pon1,Brca1,Complement 6の4遺伝子座での塩基配列多型データを解析した。日本人集団はアフリカ、ヨーロッパ人の集団に較べて塩基多様度は若干低く、またPon1遺伝子座では特に強い連鎖不平衡も見つかった。さらにTajima's D等の統計量も他集団より正の値を取ることが多く、比較的最近に集団サイズの減少あるいは複数集団の融合が起こった可能性が示唆された。また中立性のテストによりPon1を除く3遺伝子座で、自然淘汰が働いている可能性が示唆された。

假设人口是人口，我们已经阐明了统计值（例如tajima d）的性质，这些统计值是根据中性标记基因突变计算得出的。此外，由于在探索SNP的过程中积累了人口序列的多态性数据，因此我们通常分析了这些数据，比较了过去的人群结构的特征，尤其是在日本人群中，以及其他群体，还研究了自然选择在工作中的可能性。 1。我们从理论上分析了中性统计的性质，例如中性基因座的Tajima d，假设创始人的效应已降低一次，然后人口大小呈指数增长。到目前为止，人们已经说过，在这种情况下，基因谱系从直觉上变为星形，但是在这项研究中，当种群大小增加时，渐进性是渐近的，并且使用计算机实验研究了该家谱下统计学下的平均，统计学方差和分布。我们还确定了谱系成为星形极限的极限条件。 2。分析了多个人群中FUT2，PON1，BRCA1和补体6的四个基因座的核序列多态性数据。日本人口的基础多样性略低于非洲和欧洲人口，并且在PON1基因座也发现了特别强大的连锁不平衡。此外，诸如Tajima的D之类的统计数据通常比其他人群具有正值，这表明人口规模可能已经减少或融合了多个人群。中立测试还表明，除了PON1以外，自然选择可能在三个基因座工作。