イネの茎頂分裂組織構築における低分子RNAの役割

小RNA在水稻茎尖分生组织构建中的作用

基本信息

批准号：
20061015
负责人：
佐藤豊
金额：
$ 2.11万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2008
资助国家：
日本
起止时间：
2008 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

申請者はta-siRNA経路によるmiR166の発現調節についてta-siRNA経路により作られる未知の低分子RNAによる転写後制御の可能性、クロマチン制御を介した転写レベルでの調節の可能性、あるいはta-siRNAにより制御される既知の転写因子を介した転写レベルでの制御の可能性を考えた。本年度は、これらの可能性の内1番目と2番目についての検証を目的として、野生型とイネのta-siRNA経路の突然変異体(shl/sho変異体)において、低分子RNAの大量解析を行い、ゲノム全体に散在する低分子RNA産出座位を同定すると共にその発現比較を計画した。これまでに、野生型・shol-1・shol (o-282)・shll-3・shl4について、低分子RNA画分の回収並びに、cDNAライブラリーの作成を行った。続いて、SOLiDシークエンサーによる配列の解析を基礎生物学研究所の長谷部グループの協力により行った。その結果、計5580万リードを回収することができた。このうち、約2000万リードについてイネゲノム上にマップすることができた。現在、配列データをゲノムブラウザー上で、リード数を可視的に表示できる状態にデータの移行を行っている。また、野生型と変異体間でのリード数の大きく異なる座位などの抽出も続いて行いたい。さらに今年度は、3番目の可能性についても一部検討を行った。これまで、シュート領域においてmiR166により負の制御を受けるHD-ZIPIII発現を胚形成の初期過程で解析してきたが、ta-siRNAの制御を受けるETT/ARF転写因子の胚発生初期の発現も詳細に解析した。その結果、イネの胚発生初期過程において、HD-ZIPIIIとETT/ARFはシュート構築以前の球状胚期においてすでに排他的な発現をしていることが明らかになった。このことから、当初、私には否定的に思えた3番目の可能性についても十分な検討の余地があることが判明した。

申请人认为，Ta-SiRNA途径在TA-SIRNA途径中通过染色质对照在转录水平或通过转录水平通过已知转录因子在转录水平下通过已知的转录水平在转录水平下通过未知的小RNA对MiR166表达进行转录后调节的可能性。在今年，为了验证这些可能性的第一和第二，我们对野生型和水稻Ta-siRNA途径突变体（SHL/SHO突变体）中的小RNA进行了大规模分析，确定了散布在整个基因组中的小RNA产生基因座，并计划比较其表达。到目前为止，已经回收了小的RNA分数，并为野生型SHOL-1，SHOL（O-282），SHLL-3和SHL4准备了cDNA库。接下来，使用基本生物学研究所Hasebe组的合作的实序仪进行序列分析。结果，我们能够收集总计5580万个潜在客户。其中，大约2000万次读取被映射到水稻基因组上。当前，数据正在迁移到一个状态，在该状态下，可以在基因组浏览器上视觉显示序列数据。我们还希望继续提取基因座，在野生型和突变体之间的读数显着不同。此外，今年我们还讨论了一些第三种可能性。到目前为止，在胚胎发生的早期阶段已经分析了由MiR166负面控制的HD-ZIPIII表达，但是在胚胎发育的早期阶段，也已详细分析了由TA-SIRNA控制的ETT/ARF转录因子的表达。结果表明，HD-ZIPIII和ETT/ARF在水稻胚胎发育的早期芽构造前已经在球状胚胎阶段独家表达。这表明，对于最初对我来说似乎是负面的第三种可能性，也有足够的余地。

项目成果

期刊论文数量（8）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

トランスポゾン由来の小分子RNAによるイネゲノムの動態制御

转座子衍生的小RNA对水稻基因组的动态控制

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
野坂実鈴;伊藤純一;阿部匡;長戸康郎;佐藤豊
通讯作者：
佐藤豊

器官分化に異常があるイネ胚発生突然変異体の解析

器官分化缺陷的水稻胚突变体分析

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
影响因子：
0
作者：
中尾梨沙;杉山夏紀;北野英己;佐藤豊
通讯作者：
佐藤豊

Developmental Role and Auxin Responsiveness of Class III HD-Zip Gene Family Members in Rice

III类HD-Zip基因家族成员在水稻中的发育作用和生长素反应

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
Plant Physiology 147
影响因子：
0
作者：
Itoh;JI.;Hibara;K.;Sato;Y.;Nagato;Y.
通讯作者：
Y.

小分子RNAからみえてくる植物ゲノムとゲノム寄生因子の攻防

小RNA分子揭示植物基因组与基因组寄生因子之间的斗争

DOI：
发表时间：
2009
期刊：
影响因子：
0
作者：
佐藤豊;野坂実鈴
通讯作者：
野坂実鈴

RNAサイレンシング経路を介したイネの茎頂分裂組織構築機構

RNA沉默途径的水稻芽顶端分生组织组装机制

DOI：
发表时间：
2008
期刊：
ブレインテクノニュース 128
影响因子：
0
作者：
佐藤豊;野坂実鈴;伊藤純一
通讯作者：
伊藤純一

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通讯作者：
佐藤　豊，石川泰成，大友　智，下野六太

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通讯作者：
佐藤豊編著，友添秀則，日野克博，栫ちか子他執筆