Development of computational methods for comparing a large scale multiple genome sequences

开发用于比较大规模多个基因组序列的计算方法

• 批准号: 17018029
• 负责人: SAKAKIBARA Yasubumi
• 金额: $ 44.86万
• 依托单位: Keio University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2005
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2005 至 2009
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-17018029/
• 关键词: 比較ゲノム; マルチプルアライメント; ゲノム再編成; 2次構造予測; 機能性RNA; アセンブリ; 次世代シークエンサー; シンテニーブロック; 分子進化距離; 非コードRNA; 構造的アライメント; 2次構造; スコア行列

We have developed a genome comparison algorithm, named Murasaki, makes it possible to identify well-conserved regions within multiple large sequences on the scale of several hundred megabases in few minutes using a single CPU. Murasaki can perform a sensitive alignment of eight mammalian genomes (human, chimp, rhesus, orangutan, mouse, rat, dog, and cow) in 21 hours CPU time (42 minutes wall time). This is the first single-pass comparison algorithm for multiple mammalian genomes.

我们已经开发了一种名为Murasaki的基因组比较算法，使得使用单个CPU在几百分钟内以几百个兆邦的规模识别保守的大序列中的良好序列。 Murasaki可以在21小时CPU时间（42分钟的壁时间）内对八个哺乳动物基因组（人，黑猩猩，鼠尾草，小鼠，大鼠，狗和牛）进行敏感对齐。这是第一个用于多种哺乳动物基因组的单通量比较算法。

项目成果

Genome sequencing and analysis of Aspergillus oryzae

• DOI: 10.1038/nature04300
• 发表时间: 2005-12-22
• 期刊: NATURE
• 影响因子: 64.8
• 作者: Machida, M;Asai, K;Kikuchi, H
• 通讯作者: Kikuchi, H

Whole-Genome Tiling Array Analysis of Mycobacterium leprae RNA Reveals High Expression of Pseudogenes and Noncoding Regions

• DOI: 10.1128/jb.00120-09
• 发表时间: 2009-05-01
• 期刊: JOURNAL OF BACTERIOLOGY
• 影响因子: 3.2
• 作者: Akama, Takeshi;Suzuki, Koichi;Ishii, Norihisa
• 通讯作者: Ishii, Norihisa

OSfinder: an accurate orthology mapping program and its application to placental mammalian genomes

OSfinder：准确的直系同源作图程序及其在胎盘哺乳动物基因组中的应用

• 发表时间: 2007
• 作者: Hachiya;T.;Osana;Y.;Popendorf;K.;Sakakibara;Y.
• 通讯作者: Y.

CentroidAlign: fast and accurate aligner for structured RNAs by maximizing expected sum-of-pairs score

• DOI: 10.1093/bioinformatics/btp580
• 发表时间: 2009-12-15
• 期刊: BIOINFORMATICS
• 影响因子: 5.8
• 作者: Hamada, Michiaki;Sato, Kengo;Asai, Kiyoshi
• 通讯作者: Asai, Kiyoshi

miRRim: A novel system to find conserved miRNAs with high sensitivity and specificity

• DOI: 10.1261/rna.655107
• 发表时间: 2007-12-01
• 期刊: RNA
• 影响因子: 4.5
• 作者: Terai, Goro;Komori, Takashi;Kin, Taishin
• 通讯作者: Kin, Taishin