遺伝子発現と塩基多型に基づくオオムギ系統進化の推定

基于基因表达和核苷酸多态性的大麦谱系进化估计

• 批准号: 16011241
• 负责人: 佐藤 和広
• 金额: $ 4.16万
• 依托单位: Okayama University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
• 财政年份: 2004
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2004 至 无数据
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16011241/
• 关键词: オオムギ; ゲノム解析; cDNA; EST; SNP; DNAアレイ; 遺伝地図

・岡山大学が保有する3'端オオムギESTのUnigeneに由来するプライマーを設計し,約3,000弱のESTを連鎖地図上にマップした(2005年3月現在).また,上記プライマーの六倍性コムギ(パンコムギ)におけるPCR増幅を確認し,コムギの遺伝背景にオオムギの染色体を添加した系統群を用いて約1,000のESTについて座乗染色体を決定した.また,二倍性コムギの分離集団に約100のオオムギESTをマップした.・オオムギ,コムギ,ライムギを含む近縁植物についてオオムギESTマーカーのプライマー配列に基づく類縁関係を推定した.さらに,近縁野生植物でストレス抵抗性に優れたハマニンニクおよびオオハマニンニクについて,染色体添加コムギ系統の添加染色体の識別と同祖群を決定するために,これらの異種染色体に特異的なマーカー各々約100をオオムギESTから得た.また,野生オオムギH.chilenseの染色体添加系統群の添加染色体をオオムギESTマーカーで同定することに成功した.・国際オオムギESTコンソシアムを形成している米国,ドイツ,フィンランド,英国のプロジェクトと共同でAffymetrix社からカスタムオリゴアレイを開発し,同社から発売した.さらに,オオムギGeneChipの発現データベースに関する大規模な国際共同実験を進め,成果を論文投稿した.・Unigeneのクローンを整列化して,品種間に存在するSNPを確認し,これらの配列および用途について米国およびEUに国際特許出願した(岡山大学).・cDNAアレイシステム,植物RNAの自動抽出システム,イネ-オオムギ比較ゲノム地図,BACライブラリーによる遺伝子単離システムなどを開発した.

- 设计源自冈山大学拥有的3'-End Barley EST Unigene的底漆，并在链接地图上绘制了大约3,000台EST（截至2005年3月）。确认了上述六角小麦（PAN小麦）中上述底漆的PCR扩增，并使用一组菌株确定了约1,000张EST的染色体，其中将大麦染色体添加到小麦的继承中。此外，还使用了两倍的小麦来确定约1,000 ests的染色体。将大约100个大麦EST映射到单独的人群。我们根据大麦，小麦和黑麦在内的大麦EST标记的底漆序列估算了相关关系。此外，对于密切相关的野生植物中高度抗压力的哈曼大蒜和大蒜，我们决定鉴定添加的染色体和染色体添加的小麦菌株的同质群。 00从Barley Est获得。我们还成功地使用了大麦H. Chilense染色体的染色体，使用大麦EST标记物。 - 我们与美国，德国，芬兰和英国的一个项目合作开发了来自Affymetrix的自定义寡量阵列，该项目构成了国际大麦EST财团，并将其从公司中发布。此外，我们在大麦属表达数据库上进行了大规模的国际联合实验，并提交了结果。 - 我们将Unigene Clones对齐以确认品种之间存在的SNP，并在美国和欧盟为这些序列和用途提交了国际专利申请（冈马大学）。 - 我们开发了一个cDNA阵列系统，一种用于植物RNA的自动提取系统，水稻 - 巴利比较基因组图以及使用BAC文库的基因隔离系统。

项目成果

遺伝子に生じた一塩基多型(SNP),およびその利用

基因中出现的单核苷酸多态性 (SNP) 及其用途

• 发表时间: 2004