XMLを用いたゲノムデータ統合システム

使用 XML 的基因组数据集成系统

基本信息

批准号：
14015221
负责人：
吉川正俊
金额：
$ 3.78万
依托单位：
Nagoya University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
2002
资助国家：
日本
起止时间：
2002 至无数据
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-14015221/
关键词：
情報システムディレクトリ情報検索遺伝子ゲノム情報工学

项目摘要

本研究では,多様なゲノムXMLデータを統合的に管理し,それらデータの横断的な検索やナビゲーション機能を提供する汎用的なXMLデータの構築方法,XMLデータベースの利用者インタフェースの開発,および更新が多い多様なDTDやXMLスキーマに基づくXMLデータを効率良く管理可能なデータ構造の開発を行った.実際に提供されているXMLデータは,横断検索に適した論理構造を有するとは限らない.そこで,種々の論理構造を有するXMLデータからキーワード集合などの簡易問合せにより,最適な部分XMLデータを検索するための手法を研究・開発し,XMLデータの簡易検索を可能とするシステムのプロトタイプを作成した.また,その評価を行うために,INEX (Initiative for the Evaluation of XML retrieval)国際イニシアティブに参画し,テストコレクションを作成した.ゲノムデータは更新の頻度が高いために,検索,更新ともに効率よく実行可能なXMLデータ索引の開発が必要である.したがって,XMLの木構造を表現する符号化方法について研究し,そのためのノード符合化法として,rUID, QRSなどを考案した.MaXML (Mouse annotation XML)などGene Ontology (GO)を参照する複数のゲノムXMLデータを,GOを中心に統合し,同じ働きを持った異なる生物種間の遺伝子の比較を行い,SVGを用いて表示するデータベースシステムGeneAroundを構築しGOデータの更新に追随させた.GeneAroundシステムは,理化学研究所のマウス遺伝子注釈付けプロジェクトFANTOMでも実際に利用された.また,海外からのWebサイトへのアクセスも増加している.

在这项研究中，我们整合了各种基因组XML数据的管理，开发了一种通用的XML数据构建方法，该方法为这些数据提供了横截面搜索和导航功能，开发了用于XML数据库的用户界面，并开发了一个数据结构，该数据结构允许基于各种DTDS和XML Schemas的XML数据有效地管理，这些数据经常更新。提供的XML数据不一定具有适合横截面搜索的逻辑结构。因此，我们研究并开发了一种使用简单的查询来搜索最佳部分XML数据的方法，例如带有各种逻辑结构的XML数据的关键字集，并创建了一个系统的原型，该系统可以简单地搜索XML数据。为了评估这一点，我们还对INEX（评估XML的倡议）进行了评估。他参加了国际倡议（检索），并创建了一个测试收集。基因组数据经常更新，因此有必要开发XML数据索引，该指标可以有效地执行搜索和更新。因此，他研究了代表XML的树结构的编码方法，并将RUID和QRS设计为为此目的的节点编码方法。基因本体论，例如MAXML（小鼠注释XML）多个基因组XML（GO）的基因组XML数据主要是通过GO进行了集成的，并比较了具有相同功能的不同物种之间的基因，并构建了使用SVG显示的数据库系统genearound，以遵循GO数据的更新。 Genearound系统实际上是由Riken Institute的Mouse Gene注释项目使用的，并且也增加了从海外获得网站的访问。