ゲノム解析に伴う大量知識情報処理の研究

与基因组分析相关的海量知识信息处理研究

基本信息

批准号：
04261101
负责人：
金久實
金额：
$ 206.27万
依托单位：
Kyoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至 1995
项目状态：
已结题

项目摘要

本領域は全体を1つの計画研究班とし、(1)ゲノム解析がもたらす大量かつ多様なデータのデータベースの問題と、(2)実験によるゲノム解析の最終産物である配列データの生物的意味解釈の問題とに新しい方法を確立する研究を行ってきた。今年度は5カ年計画の最終年度であり、これまでの研究成果のとりまとめと実用化を行った。(1)についてはこれまでのLocus-In、ContigMaker、Genomaticaに加え、データベース統合的利用環境Gidre、枯草菌ゲノムデータベースBSORF、大腸菌ゲノムデータベースE.coli Databankを開発し提供した。(2)に関しては分子間相互作用を単位とした機能情報の体系化を行い、代謝系データベースKEGG、シグナル伝達データベースSPADを開発した。また酵素に関する知識を集約した酵素反応化合物データベースLIGANDと代謝系パスウェイとの関連づけを行った。さらに、配列モチーフに関する並列知識発見システムBONSAI Gardenの実用化も行った。一方、基礎研究の成果は国際的な学術誌と本領域が主催するゲノム情報ワークショップのProceedingsとして公表されている。なお、班員による5年間の基礎研究成果は来年度に成果とりまとめを行い、本領域研究の研究成果報告書として出版する予定である。これまでに実用化されたシステムはゲノムネットデータベースサービスの一貫として国内外の研究者に提供されており、その普及に関する活動は総括班で行われた。研究班会議は本領域の2つの主要な公開行事であるチュートリアルとワークショップの場で7月6日と12月11日に行った。

该领域由单一规划研究团队组成，重点研究（1）基因组分析带来的大量多样化数据的数据库问题，以及（2）最终产品序列数据的生物学意义解释我们通过实验进行基因组分析，以建立解决问题的新方法。今年是五年计划的收官之年，我们对迄今为止的研究成果进行了总结和运用。关于（1），除了现有的Locus-In、ContigMaker、Genomatica之外，我们还开发并提供了数据库集成使用环境Gidre、枯草芽孢杆菌基因组数据库BSORF、大肠杆菌基因组数据库E.coli Databank。关于（2），我们基于分子间相互作用对功能信息进行系统化，开发了代谢系统数据库KEGG和信号转导数据库SPAD。我们还将酶反应化合物数据库 LIGAND 与代谢途径联系起来，该数据库汇总了有关酶的知识。此外，我们还实现了 BONSAI Garden，这是一个序列主题的并行知识发现系统。同时，基础研究成果发表在国际学术期刊和本领域主办的基因组信息研讨会论文集上。团队成员近五年来的基础研究成果将于明年进行总结，并作为该研究领域的研究成果报告发表。迄今为止已投入实际使用的系统已作为 GenomeNet 数据库服务的一部分提供给日本和国外的研究人员，其传播相关活动由总务委员会开展。研究小组会议于 7 月 6 日和 12 月 11 日在该领域的两个主要公共活动：教程和研讨会上举行。