パタ-ン認識手法にもとづくタンパク質アミノ酸配列デ-タの高次処理に関する研究

基于模式识别方法的蛋白质氨基酸序列数据高级处理研究

基本信息

批准号：
03266207
负责人：
高橋由雅
金额：
$ 0.96万
依托单位：
Toyohashi University of Technology
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research on Priority Areas
财政年份：
1991
资助国家：
日本
起止时间：
1991 至无数据
项目状态：
已结题

项目摘要

本研究はタンパク質のアミノ酸配列デ-タとその高次構造や機能との相関解析を通じ、パタ-ン認識手法に基づく配列デ-タの高次解析手法の確立を目指すものである。ここでは従来の二次構造分類とは異なった観点から、ある特定残基の局所三次元構造のクラス分類を行うことを目的として、ポテンシャル関数法によるタンパク質アミノ酸残基のφーψ配座パタ-ンのクラスタリングを試みた。20種のアミノ酸について、各残基種ごとにφーψ配座パタ-ンの分布圏をポテンシャル関数法を用いて作成した。さらに、これらのデ-タをもとにφーψ空間における配座パタ-ンのモ-ド探索並びにクラスタ-分析を行なった。その結果、いずれの場合においても二つ以上の主要クラスタ-が検出された。特に、グリシン残基を中心としたφーψパタ-ンからは5つの主要なクラスタ-を見出すことができ、約70%のグリシン残基がこれら5つのクラスタ-のいずれかに含まれることが明らかとなった。モ-ド探索によるこれら5つのクラスタ-中心のφーψパタ-ンはそれぞれ(85.07ﾟ,5.58ﾟ)、(-61.98ﾟ,-42.67ﾟ)、(84.19ﾟ,-160.72ﾟ)、(176.80,-170.03ﾟ)、(-79.58ﾟ,168.65ﾟ)であった。一方、その他のアミノ酸残基についても同様な解析を行ったところ、2〜3個の主要なクラスタ-が検出され、平均で約80%の残基がそれらのクラスタ-のいずれかに含まれる結果となった。以上、本研究ではタンパク質主鎖の局所構造情報のデ-タ解析に対し、ポテンシャル関数を用いたモ-ド探索とクラスタリングのための手法を提案するとともに、本法を20種のアミノ酸残基ごとのφーψ配座パタ-ンの解析に応用し、各アミノ酸種ごとの主要なクラスタ-を明らかにした。

这项研究旨在通过对蛋白质氨基酸序列DE-TA及其高阶结构和功能的相关分析来基于PATA-ON识别方法建立阵列Dato的高阶分析方法。在这里，从与常规二级结构分类的不同角度来看，为了进行特定残基的局部三维结构的分类，电位函数方法φーψψψψ电话尝试了群集。对于20种氨基酸，使用潜在的函数定律为每个剩余的基础创建φ-ψ节模式的分布区域。此外，基于这些渡轮，进行了φ-ψ空间中的坐姿异教，并进行了簇 - 分析。结果，在任何情况下，都检测到两个或多个主要集群。特别是，您可以从辅助甘氨酸残基上找到φ-ψpataten的五个主要簇，约有70％的甘氨酸残基包括在这五个簇之一中。这五个簇-φ -ψpatatas在中心（85.07°，5.58°），（-61.98，-42.67°），（84.19°，-60.72°），（176.80，176.80，176.80，（176.80），（176.80），（176.80） - 170.03°）-170.03°），（-79.58，168.65°）。另一方面，在同一分析中对其他氨基酸残基进行了类似的分析，并且检测到了两个至三个主要的簇，并且在任何簇中，平均约有80％的残基被包括在内。如上所述，在这项研究中，我们提出了一种使用潜在功能进行搜索和聚类的方法，以响应蛋白质主链的局部结构信息，该定律由20个氨基酸残基制成将每个氨基酸物种的物种用于分析φ-ψ /ψ-节patatas。