SHH型髄芽腫における異常RNAプロセシングの解明

SHH 型髓母细胞瘤中异常 RNA 加工的阐明

• 批准号: 22H03190
• 负责人: 鈴木 啓道
• 金额: $ 11.15万
• 依托单位: National Cancer Center Japan
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (B)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H03190/
• 关键词: 髄芽腫; RNA; U1 snRNA; スプライシング

本研究課題ではRNAプロセスの異常をU1 snRNAの機能に基づき、それぞれに特化した解析を行うことで、変異により引き起こされる細胞内RNAプロセスの異常を解明し、髄芽腫の病態を明らかにすることを目的とし研究を進めている。初年度は主に試料の収集と解析手法の確立を行った。U1 snRNA変異発現細胞株を２つの既存細胞株を用いて確立した。ヒト髄芽腫検体を協力機関より収集した。臨床検体に対して、RNAシークエンスとU1 snRNA変異の評価を行った。RNAシークエンスのデータを用いてスプライシング異常解析を行うと、これまでの結果と同様に約1,000遺伝子にスプライシング異常が同定されていることが確認できた。しかし、約７割のスプライシング異常は一部の症例でしか認められないため、共通して発現量の高い異常イベントを今後探索していく。スプライシング異常のさらなる解析のため、一分子ロングリードシークエンスを用いたスプライシング異常解析を進めている。テストランとしてデータを取得しており、このデータを用いて今後解析手法を整えていく。合わせて、シークエンス精度の評価を行いサンプル調整法やシークエンス条件を調整し、今後症例数を増やしていく予定である。RNA局在異常解析のためにsubRNA-seq手法の確立を行った。シークエンスを行い良好に分画が行われていることが確認できた。解析数を増やしていくとともに解析も進めていく予定である。次年度以降、データの集積を進めていき、腫瘍の発生もしくは維持に必要な異常なイベントを探索していく。

在本研究项目中，我们将基于U1 snRNA的功能分析RNA过程的异常，以阐明突变引起的细胞内RNA过程的异常，并阐明髓母细胞瘤的病理学。第一年主要是采集样本，建立分析方法。使用两个现有细​​胞系建立了表达 U1 snRNA 突变的细胞系。人类髓母细胞瘤标本是从合作机构收集的。对临床样本进行 RNA 测序和 U1 snRNA 突变分析。当使用RNA测序数据分析剪接异常时，证实大约1000个基因存在剪接异常，与之前的结果类似。然而，由于大约 70% 的剪接异常仅在某些情况下观察到，因此我们将继续寻找通常以高水平表达的异常事件。为了进一步分析剪接异常，我们正在使用单分子长读测序对剪接异常进行分析。我们已经获取了测试数据，并将在未来使用这些数据来开发分析方法。同时，我们计划评估测序准确性，调整样本制备方法和测序条件，以增加未来的病例数。我们建立了 subRNA-seq 方法来分析 RNA 定位异常。进行测序并确认分级分离进行良好。我们计划随着分析数量的增加而继续我们的分析。从明年开始，我们将继续收集数据并寻找肿瘤发展或维持所必需的异常事件。

项目成果

髄芽腫における新規遺伝子変異と起源細胞の同定

髓母细胞瘤新基因突变和细胞起源的鉴定

• 发表时间: 2022
• 作者: Yusuke Funakoshi;Takuma Nakashima;Shohei Nambu;Atsuhito Uneda;Kotoe Katayama;Seiya Imoto;Ryosuke Hanaya;Shota Tanaka,Ryuta Saito;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

全ゲノムシークエンスを用いた脳腫瘍の病態解明と患者還元

利用全基因组测序阐明脑肿瘤的病理学并为患者带来益处

• 发表时间: 2022
• 作者: 鈴木 啓道;中島 拓真;舟越 勇介;畝田 篤仁;杉原 由利子;南部 翔平;金森 政之;隈部 俊宏;鈴木 智成;木下 学;園田 順彦;荒川 芳輝;永根 基雄;田中 將太;石田 穣治;齋藤 竜太;花谷 亮典;吉本 幸司;成田 善孝
• 通讯作者: 成田 善孝

脳腫瘍診断に対する遺伝子検査

脑肿瘤诊断的基因检测

• 发表时间: 2022
• 作者: Yusuke Funakoshi;Takuma Nakashima;Shohei Nambu;Atsuhito Uneda;Kotoe Katayama;Seiya Imoto;Ryosuke Hanaya;Shota Tanaka,Ryuta Saito;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

がんゲノム解析におけるバルクシークエンスとシングルセルシークエンスの融合髄芽腫における起源細胞の同定から腫瘍発生のメカニズムを探る

结合批量测序和单细胞测序进行癌症基因组分析 通过鉴定髓母细胞瘤的起源细胞探索肿瘤发生的机制

• 发表时间: 2022
• 作者: Hiromichi Suzuki;Takuma Nakashima;Yusuke Funakoshi;Atsuhito Uneda;Shota Tanaka;Joji Ishida;Ryuta Saito;Ryosuke Hanaya;Koji Yoshimoto;Yoshitaka Narita;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki;Hiromichi Suzuki
• 通讯作者: Hiromichi Suzuki

CBFA複合体異常が細胞分化を阻害しGroup 4髄芽腫を引き起こす Failure of differentiation induced by genetic alterations in CBFA complex constitutes Group 4 medulloblastoma

CBFA 复合体基因改变诱导的分化失败构成第 4 组髓母细胞瘤

• 发表时间: 2022
• 作者: 鈴木 啓道;Liam D. Hendrikse;中島 拓真;舟越 勇介;隈部 俊宏;Michael D. Taylor
• 通讯作者: Michael D. Taylor