RNA informatics for epi-transcriptome analysis

用于表观转录组分析的 RNA 信息学

基本信息

批准号：
16H02484
负责人：
Asai Kiyoshi
金额：
$ 29.2万
依托单位：
The University of Tokyo
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
财政年份：
2016
资助国家：
日本
起止时间：
2016-04-01 至 2019-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-16H02484/
关键词：
修飾塩基 RNA２次構造エピトランスクリプトームバイオインフォマティクス分子動力学エネルギーパラメタ RNA2次構造エヒトランスプリクトームＲＮＡ2次構造エピとランスクリプトーム解析エピトランスクリプトーム解析

项目摘要

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

A robust model for quantitative prediction of the silencing efficacy of wild-type and A-to-I edited miRNAs

用于定量预测野生型和 A-to-I 编辑 miRNA 沉默功效的稳健模型

DOI：
10.1080/15476286.2019.1678364
发表时间：
2019
期刊：
RNA Biology
影响因子：
4.1
作者：
Tian Shen;Terai Goro;Kobayashi Yoshiaki;Kimura Yasuaki;Abe Hiroshi;Asai Kiyoshi;Ui-Tei Kumiko
通讯作者：
Ui-Tei Kumiko

Estimating energy parameters for RNA secondary structure predictions using both experimental and computational data

使用实验和计算数据估计 RNA 二级结构预测的能量参数

DOI：
10.1109/tcbb.2018.2813388
发表时间：
2018
期刊：
IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics
影响因子：
0
作者：
Shimpei Nishida;Shun Sakuraba;Kiyoshi Asai;and Michiaki Hamada
通讯作者：
and Michiaki Hamada

RNA-RNA の相対結合自由エネルギー計算

RNA-RNA相对结合自由能计算

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
桜庭俊;浅井潔;亀田倫史
通讯作者：
亀田倫史

RintC: fast and accuracy-aware decomposition of distributions of RNA secondary structures with extended logsumexp

DOI：
10.1186/s12859-020-3535-5
发表时间：
2020-05-24
期刊：
BMC BIOINFORMATICS
影响因子：
3
作者：
Takizawa，Hiroki;Iwakiri，Junichi;Asai，Kiyoshi
通讯作者：
Asai，Kiyoshi

Predicting RNA-RNA duplex dimerization energy from the molecular dynamics simulation

通过分子动力学模拟预测 RNA-RNA 双链体二聚化能量

DOI：
发表时间：
2016
期刊：
影响因子：
0
作者：
Shun Sakuraba;Tomoshi Kameda and Kiyoshi Asai
通讯作者：
Tomoshi Kameda and Kiyoshi Asai

DOI：
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作者：
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Asai Kiyoshi其他文献

所有権概念の社会的機能

所有权观念的社会功能

DOI：
发表时间：
2018
期刊：
法律時報
影响因子：
0
作者：
Ito Yoichiro;Terai Goro;Ishigami Misa;Hashiba Noriko;Nakamura Yasuyuki;Bamba Takahiro;Kumokita Ryota;Hasunuma Tomohisa;Asai Kiyoshi;Ishii Jun;Kondo Akihiko;尾崎一郎
通讯作者：
尾崎一郎

あなたも明日は裁判員!?

明天你也来当法官吗？

DOI：
发表时间：
2019
期刊：
影响因子：
0
作者：
Tian Shen;Terai Goro;Kobayashi Yoshiaki;Kimura Yasuaki;Abe Hiroshi;Asai Kiyoshi;Ui-Tei Kumiko;飯考行・裁判員ラウンジ（編著）
通讯作者：
飯考行・裁判員ラウンジ（編著）

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神经康复外骨骼机器人及介入引擎开发

DOI：
发表时间：
2021
期刊：
影响因子：
0
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Development of engineering tools for methylotrophic yeast Pichia pastoris and their applications to small antibody secretory production

甲基营养酵母毕赤酵母工程工具的开发及其在小抗体分泌生产中的应用

DOI：
发表时间：
2020
期刊：
影响因子：
0
作者：
Kondo Akihiko;Ito Yoichiro;Nakamura Yasuyuki;Nishimura Yuya;Sasaki Daisuke;Nishi Teruyuki;Terai Goro;Asai Kiyoshi;Ishii Jun
通讯作者：
Ishii Jun

Free-Energy Calculation of Ribonucleic Inosines and Its Application to Nearest-Neighbor Parameters

核糖核肌苷的自由能计算及其在最近邻参数中的应用

DOI：
10.1021/acs.jctc.0c00270
发表时间：
2020
期刊：
Journal of Chemical Theory and Computation
影响因子：
5.5
作者：
Sakuraba Shun;Iwakiri Junichi;Hamada Michiaki;Kameda Tomoshi;Tsuji Genichiro;Kimura Yasuaki;Abe Hiroshi;Asai Kiyoshi
通讯作者：
Asai Kiyoshi