Transcriptome analysis of phenotypic plasticity in the Hokkaido salamander

北海道蝾螈表型可塑性的转录组分析

基本信息

批准号：
24870002
负责人：
MATSUNAMI Masatoshi
金额：
$ 1.91万
依托单位：
Hokkaido University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
财政年份：
2012
资助国家：
日本
起止时间：
2012-08-31 至 2014-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

Amphibians display flexible phenotypes depending on environmental conditions. Larvae of the Hokkaido salamander, Hynobius retardatus, exhibit two distinct morphs, "attack morphs" and "defense morphs", as an inducible phenotypic response to prey and predators, respectively. The presence of their prey, Rana pirica tadpoles, induces a broad-headed attack morph. The presence of predatory dragonfly nymphs (Aeshna nigroflava) induces a defense morph, characterized by enlarged external gills and a high tail. However, the molecular mechanisms underlying these phenotypic changes have yet to be elucidated. To reveal the landscape of molecular mechanisms underlying these inducible plastic morphs, we carried out a de novo transcriptome analysis of Hokkaido salamander larvae. We extracted and sequenced RNAs from the sampled tissues. Then, we compared the obtained reads and contigs of the treatment samples and identified differentially expressed genes.

两栖动物根据环境条件表现出灵活的表型。北海道蝾螈的幼虫 Hynobiusretatus 表现出两种不同的形态，即“攻击形态”和“防御形态”，分别作为对猎物和捕食者的诱导表型反应。它们的猎物——红皮林蛙蝌蚪的存在会引发宽头攻击变形。掠食性蜻蜓若虫（Aeshna nigroflava）的存在会诱发防御变形，其特征是增大的外鳃和高尾巴。然而，这些表型变化背后的分子机制尚未阐明。为了揭示这些可诱导塑性变形背后的分子机制，我们对北海道蝾螈幼虫进行了从头转录组分析。我们从组织样本中提取 RNA 并进行测序。然后，我们比较了处理样本的获得的读数和重叠群，并鉴定了差异表达的基因。

项目成果

期刊论文数量（22）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

トランスクリプトーム解析によるエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構の解明

通过转录组分析阐明虾夷蝾螈表型可塑性的分子机制

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
Ichikawa Y;Kagawa W;Saito K;C hikashige Y;Haraguchi T;Hiraoka Y ;Kurumizaka H.;松波雅俊
通讯作者：
松波雅俊

Eco-evo-devo study of phenotypic plasticity in the Hokkaido salamander (Hynobius retardatus).

北海道蝾螈（Hynobiusretatus）表型可塑性的生态进化研究。

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Matsunami M;Kishida O;Kitano J;Nozawa M;Igawa T;Michimae H;Miura T;Nishimura K
通讯作者：
Nishimura K

ゲノム情報から探る脊椎動物の進化

从基因组信息探索脊椎动物的进化

DOI：
发表时间：
2013
期刊：
影响因子：
0
作者：
Md. Rabiul Awual;Tsuyoshi Yaita;Hideaki Shiwaku;松波雅俊
通讯作者：
松波雅俊

トランスクリプトーム解析で迫るエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構

转录组分析揭示虾夷蝾螈表型可塑性的分子机制

DOI：
发表时间：
2014
期刊：
影响因子：
0
作者：
Md. Rabiul Awual;Mohamed Ismael;Md. Abdul Khaleque;Tsuyoshi Yaita;鬼頭朋見;松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也
通讯作者：
松波雅俊,岸田治,北野潤,道前洋史,三浦徹,西村欣也

トランスクリプトーム解析で明らかになったエゾサンショウウオの表現型可塑性の分子機構

转录组分析揭示虾蝾表型可塑性的分子机制

DOI：
发表时间：
期刊：
影响因子：
0
作者：
Yoshida M;Katsuyama S;Tateho K;Nakamura H;Miyoshi J;Ohba T;Matsuhara H;Miki F;Okazaki K;Haraguchi T;Niwa O;Hiraoka Y;Yamamoto A;松波雅俊
通讯作者：
松波雅俊