Search for novel biomarkers of primary vitreoretinal lymphoma by comprehensive genetic analysis

通过综合遗传分析寻找原发性玻璃体视网膜淋巴瘤的新生物标志物

• 批准号: 22K20785
• 负责人: 吉藤 康太
• 金额: $ 1.83万
• 依托单位: Tokyo Medical and Dental University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Research Activity Start-up
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-08-31 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K20785/
• 关键词: 原発性眼球内リンパ腫; 中枢神経浸潤; 網羅的遺伝子解析; 次世代シーケンサー

本研究の目的は、原発性眼球内リンパ腫(PVRL)の初発時硝子体検体を用いて次世代シーケンサーによる網羅的遺伝子解析を実施し、PVRLで反復して認められる遺伝子異常を明らかにし、新たなバイオマーカーを探索することである。また、PVRLで高頻度に認められ、予後不良に関係している中枢神経領域への進展に寄与する遺伝子異常を明らかにする。本年度は、まず2例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体の全エクソンシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析の解析パイプラインを構築した。当初10例程度で全エクソンシーケンスを実施する予定であったが、硝子体から抽出できるDNA量が少ないため、以降の検体はターゲットシーケンスを実施する方針とした。2例の全エクソンシーケンスの遺伝子変異解析およびコピー数解析で認められた遺伝子異常(SNVs、InDels、CNVs)の結果や、全身性DLBCLや中枢神経系原発悪性リンパ腫の発症や進展に寄与していると報告される特定の遺伝子異常を抽出し、107遺伝子をカバーするカスタム遺伝子パネルを設計した。現在設計したカスタム遺伝子パネルを用いてターゲットシーケンスを実施している。すでに、約30例のPVRL患者の初発時硝子体から抽出したDNA検体のターゲットシーケンスを実施し、遺伝子変異解析およびコピー数解析を行った。そして、PVRLで高頻度に認められる遺伝子異常の同定に成功している。

本研究的目的是利用原发性眼内淋巴瘤（PVRL）初发时的玻璃体标本，利用新一代测序进行全面的遗传分析，以澄清在PVRL中反复观察到的遗传异常，并识别新的遗传异常。寻找生物标志物。此外，我们将发现在 PVRL 中经常观察到的遗传异常，这些异常会导致中枢神经系统的进展，而中枢神经系统的进展与不良预后相关。今年，我们首先对两名PVRL患者初诊时玻璃体中提取的DNA样本进行了全外显子测序，并构建了基因突变分析和拷贝数分析的分析流程。最初，我们计划对大约10例进行全外显子测序，但由于从玻璃体中提取的DNA量较少，我们决定对后续样本进行靶向测序。两例全外显子序列基因突变分析和拷贝数分析中观察到的遗传异常（SNVs、InDels、CNVs）结果，对系统性DLBCL和原发性中枢神经系统恶性淋巴瘤的发病和进展有贡献，提取了特定的遗传异常如此报告并设计了涵盖 107 个基因的定制基因面板。我们目前正在使用我们设计的定制基因组进行靶向测序。目前已对约30名PVRL患者初次发病时玻璃体中提取的DNA样本进行了靶向测序，并进行了基因突变分析和拷贝数分析。他们还成功地识别了 PVRL 中经常观察到的遗传异常。