Genome protection and repair mechanisms for the extreme desiccation tolerance, anhydrobiosis

极端干燥耐受性、脱水生物的基因组保护和修复机制

• 批准号: 22H00372
• 负责人: 黄川田 隆洋
• 金额: $ 27.04万
• 依托单位: National Agriculture and Food Research Organization
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Scientific Research (A)
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2026-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22H00372/
• 关键词: DNA修復; 極限乾燥耐性; ゲノム; CRISPR

本研究の目的は、ネムリユスリカの乾燥・再水和の過程で生じる”DNAの障害”が、”どの場所”で生じて、”どのような因子で保護・修復”しているのかを知ることで、"乾燥耐性をもたらすDNA保護・修復機構"の全容を解明することにある。これまでの研究から、Pv11細胞の極限乾燥耐性には、ゲノムDNAの高次構造を安定保護させる機構と、DNA鎖の傷害を完全に修復させる機構の双方が存在していることが示唆された。極限的乾燥耐性は、Pv11細胞以外の培養細胞では認められない事から、特殊なゲノム構造保護因子やDNA修復因子の存在が予想される。そこで本研究では、新規なゲノムDNAの保護・修復因子の同定と機能解析を行う。2022年度はネムリユスリカに最適化された網羅的DNA二本鎖切断（DSB）マッピング法 (Pv-BLISS)の開発と、ネムリユスリカ培養細胞を用いた乾燥処理DSBデータベース（Breakome）の構築を目指した。Pv11細胞の乾燥・再水和過程の複数のタイムポイントで、細胞を固定し、コメットアッセイによりDNA障害の評価を行った。ポジティブコントロールとして実施した過酸化水素処理でPv11細胞のDNAが確かに障害を受けていることが確認できた。現在、集積したコメットアッセイのデータの画像解析を進めている。また、網羅的DSBマッピング法としてBLISSの改良版であるsBLISSをベースに手法のPv11細胞に最適化されたライブラリ構築プロトコルの開発を行い、最終的に目的とするNGS解析用ライブラリを取得した。2023年度はライブラリのシーケンスを行い、Pv11細胞の乾燥再水和過程のBreakomeデータベース構築を行う予定である。

这项研究的目的是找出摇蚊干燥和复水过程中发生的“DNA损伤”发生在哪里以及“用什么因素来保护和修复它”。这项研究的目的是阐明“提供干燥耐受性的 DNA 保护和修复机制”的整个结构。此前的研究表明，Pv11细胞的极端干燥耐受性既涉及稳定保护基因组DNA高级结构的机制，也涉及完全修复DNA链损伤的机制。由于在Pv11细胞以外的培养细胞中没有观察到极端干燥耐受性，因此预计存在特殊的基因组结构保护因子和DNA修复因子。因此，在本研究中，我们将鉴定新型基因组 DNA 保护和修复因子并对其进行功能分析。 2022财年，我们的目标是开发针对摇蚊摇蚊优化的综合DNA双链断裂（DSB）作图方法（Pv-BLISS），并使用培养的摇蚊细胞构建干燥处理的DSB数据库（Breakome）。在Pv11细胞干燥和复水过程中的多个时间点固定细胞，并通过彗星实验评估DNA损伤。证实作为阳性对照的Pv11细胞的DNA确实因过氧化氢处理而受损。目前，我们正在对收集到的彗星检测数据进行图像分析。此外，我们基于BLISS的改进版本sBLISS开发了针对Pv11细胞优化的文库构建方案，作为全面的DSB作图方法，最终获得了用于NGS分析所需的文库。 2023年，我们计划对文库进行测序，并构建Pv11细胞干燥和复水过程的Breakome数据库。

项目成果

乾燥しても死なない秘密: Secret of not Dying from Drying out

不因干燥而死的秘诀

• 发表时间: 2022
• 作者: Yuki Yoshida§;Oleg Gusev;Richard Cornette;Takahiro Kikawada;Satoshi Kida;黄川田隆洋
• 通讯作者: 黄川田隆洋

極限乾燥耐性に対する水による影響の反応速度論的考察

水对极端干燥耐受性影响的动力学考虑

• 发表时间: 2022
• 作者: Yuki Yoshida§;Oleg Gusev;Richard Cornette;Takahiro Kikawada;Satoshi Kida;黄川田隆洋;Tamau Kawashima,Nene Kabayama,Yuki Odagiri,Toshiyuki Tanimizu,Rie Ishikawa,Satoshi Kida;山田貴大
• 通讯作者: 山田貴大