斑状強皮症型基底細胞癌の高悪性度特性を規定する背景因子解明のための遺伝子発現解析

基因表达分析阐明定义斑片状硬皮病型基底细胞癌高级特征的背景因素

• 批准号: 22K16286
• 负责人: 内海 大介
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: University of the Ryukyus
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2024-03-31
• 项目状态: 已结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16286/
• 关键词: 基底細胞癌; 斑状強皮症型; single cell RNA-seq; mutational signature解析; マトリックスメタロプロテアーゼ

本研究は、基底細胞癌の各病型について、特に斑状強皮症型の臨床的、病理組織学的な表現型形成に関与する遺伝子および遺伝子群の同定、さらにその背景に存在する遺伝子変異プロファイル検証のための基礎的データを確立し、基底細胞癌の各病型の病態や発症機序の相違を明らかにすることを目的である。これまでの予備解析に使用した斑状強皮症型と結節型基底細胞癌の症例に加え、更に症例数を増やし、現時点で合計20検体の症例の収集が終了した。それらのトランスクリプトームシーケンスを行い、解析を進めている。これまでの予備解析で有意に遺伝子発現変動が確認されたコラーゲンおよびMMP遺伝子ファミリーに加え、いくつかの特徴的な遺伝子ファミリーの発現変動が確認された。これらの遺伝子は、これまでに腫瘍の悪性度と関連が示唆されていることから、斑状強皮症型基底細胞癌の高病原性と関連があることが推測される。これらの遺伝子のタンパクレベルの発現変動を確認するため、当該遺伝子ファミリーのいくつかの遺伝子に着目し、斑状強皮症型基底細胞癌の臨床組織検体を使い免疫染色をすすめている。いくつかの遺伝子については免疫染色でタンパクの発現変動が確認された。これらの異なる基底細胞癌の病型の群間に置いて、特徴的な遺伝子発現変動が見られる現象は、基底細胞癌の遺伝子変異パターンの差異に起因すると考えられる。この差異を明らかにするために、腫瘍のゲノム配列をエクソーム解析により明らかにする。まず、各病型合わせて15症例の基底細胞癌症例において、３９の遺伝子に着目し、変異を同定するためのシーケンを終了している。今後、2群間で特徴的な遺伝子変異パータンが存在するか検証し、各病型の表現型との関連を検討する。

本研究旨在鉴定参与每种类型基底细胞癌（尤其是斑片状硬皮病类型）临床和组织病理学表型形成的基因和基因组，以及背景中存在的基因突变谱。目的是建立基础数据进行验证，明确各型基底细胞癌病理和发病机制的差异。除初步分析中使用的斑片状硬皮病型和结节性基底细胞癌病例外，病例数有所增加，目前已采集标本20例。我们目前正在进行转录组测序和分析。除了在之前的初步分析中确认了胶原蛋白和MMP基因家族的基因表达发生显着变化之外，还确认了几个特征基因家族的表达变化。由于这些基因被认为与肿瘤恶性肿瘤有关，因此推测它们与斑片状硬皮病型基底细胞癌的高致病性有关。为了确认这些基因的蛋白质水平表达的变化，我们关注该基因家族中的几个基因，并使用斑片状硬皮病型基底细胞癌的临床组织标本进行免疫染色。通过免疫染色证实了一些基因的蛋白质表达的变化。在这些不同疾病类型的基底细胞癌之间观察到基因表达的特征性变化的现象被认为是由于基底细胞癌的基因突变模式的差异所致。为了阐明这种差异，我们将通过外显子组分析来阐明肿瘤的基因组序列。首先，他们关注了每种疾病类型的 15 例基底细胞癌中的 39 个基因，并完成了测序以识别突变。未来，我们将验证两组之间是否存在独特的基因突变模式，并检查与每种疾病类型表型的关系。