皮膚悪性腫瘍におけるcell-free DNAの解析

皮肤恶性肿瘤中游离DNA的分析

基本信息

批准号：
22K16284
负责人：
澤村創一郎
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Kumamoto University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2025-03-31
项目状态：
未结题

项目摘要

①有棘細胞癌、②乳房外パジェット病、③血管肉腫患者患者から得た経時的な血液検体サンプル、手術検体を用いた腫瘍組織サンプル（controlとしての正常皮膚組織や血液検体も同時取得）のサンプリングを行い、組織DNAと、血漿cell free DNA(cfDNA)を抽出した。血液サンプルが予定数集積できた③血管肉腫に関しては、転移症例5例を中心にターゲットシークエンス解析に提出し、血液サンプルからの変異遺伝子の検出を試みた。検出できた変異遺伝子は全部で9か所あり、これまで報告がない変異部位であった。5例中4例では最低1か所以上の非同義変異がみられた。TP53変異が2例で、複数個所認められたが、重複部位での変異は確認できなかった。そのほか、KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43、FBXW7が各々1症例ずつ検出された。1%以上の変異アレル頻度（VAF)を示した変異を有した症例（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser）では、droplet digital PCRによっても同変異が検出可能であることを確認し、経時的なサンプルを用いてVAFの変化を検証した。1st lineの化学療法施行後にすべての変異が検出できなくなったものの、臨床的に再発を認めた時期にTP53 Arg133*が再度検出され、2nd line以降の治療中は病勢増悪に一致してTP53 Gly244Val、RNF43Pro682Serも再度出現し、全ての変異でVAFが上昇傾向となっていた。これらの結果から、血管肉腫における血漿を用いたLiquid biopsyとしてのVAFモニタリングの有用性が示唆された。

①鳞状细胞癌，②乳外佩吉特病，③从血管肉瘤患者随时间采集的血液标本，使用手术标本的肿瘤组织样本（同时还获取正常皮肤组织和血液标本作为对照）并进行组织取样。提取 DNA 和血浆细胞游离 DNA (cfDNA)。对于血管肉瘤，我们能够收集到预期数量的血样，我们主要提交了5例转移病例进行靶序列分析，并尝试从血样中检测突变基因。一共检测到了9个突变基因，这些都是之前没有报道过的突变位点。五个病例中有四个至少有一种非同义突变。两例病例在多个位置发现了TP53突变，但重叠位点的突变尚未得到证实。此外，还检测到KDR、DDR2、FGFR2、NF2、NTRK1、SMO、RNF43和FBXW7各1例。对于变异等位基因频率 (VAF) 为 1% 或以上的突变（TP53 Gly244Val、TP53 Arg133*、RNF43Pro682Ser），我们确认通过微滴数字 PCR 也可检测到相同的突变，并且使用以下方法验证了 VAF 的变化样品。虽然一线化疗后所有突变都检测不到，但在临床复发时再次检测到TP53 Arg133*，二线及后续治疗期间，TP53 Gly244Val、TP53 Gly244Val、RNF43Pro682Ser也再次出现，且所有突变均呈上升趋势。 VAF。这些结果表明 VAF 监测作为使用血浆的液体活检在血管肉瘤中的有用性。