沖縄県に好発する血管肉腫の免疫微小環境の理解と治療標的となる腫瘍ゲノム変異の探索

了解冲绳县多发血管肉瘤的免疫微环境，寻找肿瘤基因组突变作为治疗靶点

基本信息

批准号：
22K16266
负责人：
粟澤遼子
金额：
$ 2.91万
依托单位：
University of the Ryukyus
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2022
资助国家：
日本
起止时间：
2022-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

来源：
https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K16266/
关键词：
血管肉腫カポジ肉腫血管内皮細胞遺伝子変異遺伝子発現

项目摘要

頭部血管肉腫とカポジ肉腫は脈管内皮細胞に由来する悪性腫瘍であるが、その病態や予後は著しく異なる。私共はこれまでの疫学調査より、頭部血管肉腫は琉球諸島において世界頻度の3-5倍、古典型カポジ肉腫は原因ウイルスHHV8の浸淫地区である宮古諸島において日本本土の約1000 倍の頻度で好発することを明らかにし、これは、琉球諸島に流布するHHV8が独自の進化を遂げ、宮古島では日本全体の11倍の高感染率であることも一因である。本研究課題では、沖縄県に好発する頭部血管肉腫およびカポジ肉腫のトランスクリプトームおよびエクソームデータの群間比較解析を通して、特に血管肉腫での免疫微小環境やドライバー変異を網羅的に解析し、多数の新規免疫チェックポイント因子阻害薬の中から最適な治療標的を選択するアルゴリズムを開発する。これまでに頭部血管肉腫13検体のトランスクリプトームデータの取得が完了した。これを検出力の高い統計解析を行うために、教室内で保存されている腫瘍組織を加えてデータ数を増やすとともに、疾患コントロールとしてカポジ肉腫のトランスクリプトームデータを取得した。従来の汎用されるデータ処理法では、ストップコドン、フレームシフト、エクソンスキップ等の変異をうけ、蛋白発現のないと考えられる変異RNA発現配列もその発現単位として計上される。そのため、必ずしも機能的蛋白として発現していないRNA分子も、予後不良群vs長期生存群に差のある因子として検出されてしまう。そこで新たなトランスクリプトームの処理プログラムを用いて、さらに広く最適化した遺伝子発現データプロファイルの違いを検索している。現時点での解析で、血管肉腫の検体に共通するウイルスや細菌、真菌などの病原性外来遺伝子の病的意義のある存在は確認されなかった。

头部血管肉瘤和卡波西肉瘤都是起源于血管内皮细胞的恶性肿瘤，但其病理生理学和预后明显不同。根据以往的流行病学研究，我们发现琉球群岛的头部血管肉瘤发病率是全球的3-5倍，而在致病病毒HHV8流行的宫古群岛，经典卡波西肉瘤的发病率约为全球的1000倍，这部分是因为在琉球群岛流行的HHV8经历了独特的进化，宫古岛的感染率比整个日本高出11倍。在本研究项目中，我们将通过对冲绳县常见的头部血管肉瘤和卡波西肉瘤的转录组和外显子组数据进行分组比较分析，全面分析尤其是血管肉瘤中的免疫微环境和驱动突变，并开发一种算法来选择最佳治疗方法。来自大量新型免疫检查点因子抑制剂的靶点。迄今为止，13个头部血管肉瘤标本的转录组数据采集已完成。为了进行高检测力的统计分析，我们通过添加教室保存的肿瘤组织来增加数据量，同时还获得了卡波西肉瘤的转录组数据作为疾病对照。在常规的一般数据处理方法中，将发生终止密码子、移码、外显子跳跃等突变并被认为不具有蛋白质表达的突变RNA表达序列计为表达单位。因此，不一定表达为功能蛋白的RNA分子被检测为导致不良预后组和长期存活组之间差异的因素。因此，我们正在使用新的转录组处理程序来搜索更广泛优化的基因表达数据谱的差异。目前的分析尚未证实血管肉瘤标本中常见且具有病理意义的致病性外源基因的存在，如病毒、细菌和真菌。