免疫チェックポイント阻害薬の新規効果予測因子としての腸内微生物叢の包括的解析

肠道微生物群的综合分析作为免疫检查点抑制剂的新型疗效预测因子

• 批准号: 22K15557
• 负责人: 米倉 慧
• 金额: $ 2.91万
• 依托单位: Department of Clinical Research, National Hospital Organization Kyoto Medical Center
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15557/
• 关键词: 腸内微生物; 腸内細菌; 腸内真菌; 腸内ウイルス; 悪性黒色腫; 免疫チェックポイント阻害剤; 悪性腫瘍; バイオマーカー

本研究の目的は、腸内真菌を含めた包括的な腸内微生物叢プロファイルが悪性黒色腫において免疫チェックポイント阻害薬（PDー1阻害薬、CTLA-4阻害薬）の治療効果予測バイオマーカーとなるかどうかを明らかにすることを目的としている。これまでの16S rRNA遺伝子の解析にとどまらず、whole genome sequencing（WGS）を行うことで細菌以外の微生物叢も捉える方針とし、これまで十分に検討されたことのない、包括的な腸内微生物叢を明らかにする。腸内微生物叢の試料として免疫チェックポイント阻害剤治療を受けた皮膚・粘膜メラノーマ患者の糞便検体を使用した。初年度は１）解析に必要な臨床情報と糞便検体の確保、２）糞便検体からのDNA抽出、３）WGSのライブラリー作成の条件検討を行った。４）次世代シーケンサーを用いて配列を同定した。１）合計２６検体（子宮頸部、外陰部、歯肉、腸管、口腔内、気管、鼻腔、眼、皮膚）の臨床情報、糞便検体を確保した。対象症例は主にニボルマブ（PD-1阻害薬）を使用されていた。臨床情報には免疫チェックポイント阻害剤の効果判定結果も含まれる。２-３）当初検討したプロトコルでのDNA抽出・ライブラリー作成を行ったが、tapestationを用いた評価結果からはWGSには不適合と判断した。プレップに関して複数の条件検討を行い、最終的に至適条件を同定した。４）同定された至適条件下でのプロトコルを用いて粘膜メラノーマ患者の糞便検体からDNA抽出を実際に行い、ライブラリー作成後、WGSを施行した。

本研究的目的是建立一个全面的肠道微生物群谱，包括肠道真菌，作为预测免疫检查点抑制剂（PD-1抑制剂、CTLA-4抑制剂）在恶性黑色素瘤中的治疗效果的生物标志物。看看是否是这种情况。除了16S rRNA基因的常规分析外，该公司还计划使用全基因组测序（WGS）来捕获细菌以外的微生物群，从而创建尚未得到充分研究的全面肠道微生物群。使用免疫检查点抑制剂治疗的皮肤和粘膜黑色素瘤患者的粪便标本作为肠道微生物样本。第一年，我们 1) 获取了分析所需的临床信息和粪便样本，2) 从粪便样本中提取 DNA，3) 检查创建 WGS 文库的条件。 4) 使用下一代测序仪鉴定序列。 1) 共获取26个标本（子宫颈、外阴、牙龈、肠道、口腔、气管、鼻腔、眼睛、皮肤）的临床信息和粪便样本。目标患者主要接受nivolumab（一种PD-1抑制剂）治疗。临床信息还包括评估免疫检查点抑制剂有效性的结果。 2-3) 使用最初考虑的方案进行DNA提取和文库创建，但根据使用tapestation的评估结果，确定其不适合WGS。我们研究了多种准备条件，最终确定了最佳条件。 4) 在确定的最佳条件下使用该方案，我们实际上从粘膜黑色素瘤患者的粪便样本中提取了 DNA，创建了文库，并进行了全基因组测序。