Who is the host of uncultivated viruses? Linking viral and bacterial genomes in the environment

谁是未培养病毒的宿主？

• 批准号: 22K15182
• 负责人: 岡崎 友輔
• 金额: $ 3万
• 依托单位: Kyoto University
• 依托单位国家: 日本
• 项目类别: Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
• 财政年份: 2022
• 资助国家: 日本
• 起止时间: 2022-04-01 至 2025-03-31
• 项目状态: 未结题
• 来源: https://kaken.nii.ac.jp/en/grant/KAKENHI-PROJECT-22K15182/
• 关键词: 微生物生態学; 琵琶湖; ウイルス; 細菌; シングルセルゲノム解析; メタゲノム

メタゲノム解析の普及で、環境中のウイルスのゲノムを分離培養を介さず直接得られるようになった。しかし新たな課題となっているのが「ゲノム情報だけでは、ウイルスの生態の理解に必須の『宿主』が分からない」ことである。本研究では、湖沼の細菌とそれに感染するウイルス群集を対象に、その両者を繋ぐ情報に多様な先端技術を駆使して迫る。これにより、湖沼微生物生態系において「どのウイルスがどの細菌に感染するのか?」を網羅的に解明し、その生態と進化をとりまく理解を飛躍させる。今年度までの研究では、琵琶湖沖において、夏季・冬季それぞれ2水深から得られた細菌のシングルセルゲノム解析を行い、細菌ゲノムと同時に得られるウイルスゲノム配列に着目することで、ウイルス-宿主ペアの網羅的な特定を試みている。

随着元基因组分析的扩散，现在可以直接获得环境中病毒的基因组，而无需使用分离和培养的培养物。但是，一个新的挑战是“仅基因组信息不允许我们理解对理解病毒生态至关重要的“宿主”。这项研究探索了湖泊和感染它们的病毒群落中的细菌，并使用各种尖端技术来探索与之相关的信息。这将全面阐明“哪种病毒感染哪种细菌？”在微生物湖生态系统中，将提高我们对它们的生态和进化的理解。在夏季和冬季，通过分析从Biwa湖附近的两个水深获得的细菌的单细胞基因组进行的研究直到今年进行，并专注于与细菌基因组同时获得的病毒基因组序列，他们试图全面地识别病毒主持人。

项目成果

湖沼深水層の細菌の生態学

深水湖泊和沼泽中细菌的生态学

• 发表时间: 2022
• 作者: 岡崎友輔;中野伸一
• 通讯作者: 中野伸一