細胞診アーカイブスのゲノム情報；最難治癌に対する精密医療を目指して

来自细胞学档案的基因组信息；旨在针对最难治疗的癌症进行精准医学

基本信息

批准号：
21K15963
负责人：
大山広
金额：
$ 2.91万
依托单位：
Chiba University
依托单位国家：
日本
项目类别：
Grant-in-Aid for Early-Career Scientists
财政年份：
2021
资助国家：
日本
起止时间：
2021-04-01 至 2024-03-31
项目状态：
已结题

项目摘要

胆膵癌34例、良性疾患10例から取得したFFPE組織19検体、細胞診検体61検体の両者より抽出されたDNAをTaqMan RNase P Detection Reagents KitとFFPE DNA QC Assay v2を用いて質的・量的検討を実施し、DNA収量（P = 0.792）、断片化程度（P = 0.800）が同等であることを確認している。Ion AmpliSeq library kit plusを用いライブラリ作製を行い、Ion ChefにてEmulsion PCR、Chipローディングを実施、Ion Protonにてシークエンスを実施した。シークエンスメトリクスは両者同等で解析に足るデータ量が得られた。アノテーションにはOncoKBを用いた。組織検体のある悪性19例について、FFPE組織と細胞診検体の両者より計105個（oncogenic66個、Variant of uncertain significance39個）の遺伝子変異が検出され、50個（47％）が両者で共有されていた。Oncogenic mutationはVUSよりも高度に共有されており（P = 0.024）、共有されているoncogenic mutationの変異アレル頻度はFFPE単独（P = 0.001）、細胞診検体単独（P = 0.004）よりも有意に高値であった。FFPE組織で同定されたoncogenic mutationの73%は細胞診検体でも同定された。組織検体のない25例（悪性15例、良性10例）では、悪性15例の細胞診検体からはoncogenic mutationが29個、VUSが21個検出されたが、良性例はVUS3個のみであった（P < 0.001）。細胞診検体におけるoncogenic mutation検出の感度、特異度、正診率は、それぞれ91％、100％、93％であった。

使用TAQMAN RNase P检测试剂试剂盒和FFPE DNA QC测定V2进行定性和定量检查，以确认DNA产量（P = 0.792）和片段化度（P = 0.800）与DNA产量相当（P = 0.792）和片段化度（P = 0.800）。使用离子Ampliseq库套件Plus，乳液PCR和芯片载荷制备库，在离子厨师处进行芯片载荷，并在离子质子上进行序列。序列指标是相同的，并且获得了足以分析的数据量。 Oncokb用于注释。在19例组织标本的恶性病例中，从FFPE组织和细胞学样本中都检测到了105个遗传突变（66种致癌物和39种具有不确定意义的变体），两者之间共享50个（47％）。与VUS相比，致癌突变高（P = 0.024），共享致癌突变的突变等位基因频率显着高于单独的FFPE（P = 0.001）和单独的细胞学样本（P = 0.004）。在细胞学样本中还鉴定出73％在FFPE组织中鉴定出的致癌突变。在25例没有组织标本的病例（15例恶性病例和10例良性病例）中，在15例恶性病例的细胞学样本中检测到29个致癌突变和21个VU，但在良性病例中只发现了3例VU（p <0.001）。细胞学样本中致癌突变检测的敏感性，特异性和正确的诊断率分别为91％，100％和93％。

项目成果

期刊论文数量（13）

专著数量（0）

科研奖励数量（0）

会议论文数量（0）

专利数量（0）

胆道狭窄における胆汁リキッドバイオプシーの可能性

胆汁液体活检治疗胆道狭窄的可能性

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
大山広;加藤直也;小俣政男
通讯作者：
小俣政男

Actionable mutations of malignant biliary tumors can be detected in archived biliary cytology specimens

可以在存档的胆管细胞学标本中检测到恶性胆管肿瘤的可操作突变

DOI：
发表时间：
2022
期刊：
影响因子：
0
作者：
Hiroshi Ohyama;Naoya Kato;Masao Omata
通讯作者：
Masao Omata

Detection of actionable mutations in cytological specimens obtained by endoscopic ultrasound-guided fine needle aspiration with rapid onsite evaluation in pancreatic cancer

通过超声内镜引导细针抽吸获得的细胞学标本中可操作突变的检测以及胰腺癌的快速现场评估

DOI：
10.1016/j.anndiagpath.2022.152008
发表时间：
2022
期刊：
Annals of Diagnostic Pathology
影响因子：
2
作者：
Ohyama H;Hirotsu Y;Amemiya K;Amano H;Hirose S;Hosoda K;Oyama T;Iimuro Y;Kojima Y;Mikata R;Mochizuki H;Kato N;Omata M
通讯作者：
Omata M

EUS-FNAにより得られた膵癌FFPE検体を活用した個別化医療の実現

利用 EUS-FNA 获得的胰腺癌 FFPE 标本实现个体化医疗